По правке моей схемки.
Не понял, честно говоря, зачем нужно убирать единицы третьего (самого нижнего) уровня? На мой взгляд, их как раз нужно все оставить (только выправить ошибки) и более того - их можно и кое-где нужно еще добавить. Я же только наметил в меру своего знания территорий. Оно (знание) очень неполное и неоднородное. На этом уровне список не исчерпывающий. Предполагается, что это "расходный" уровень, где авторы могут потом сами добавить какой-то район по своему усмотрению, если мы что-то упустим. Кроме того, похоже, что в горах может понадобится еще и четвертый уровень - см. прицеп.
Почему Вы считаете целесообразным объединять Устюрт и Мангышлак в одну единицу? Они ведь хорошо различаются и по геологии, и территориально, и даже по растительности. Их обычно разделяют при районировании. И равно не понимаю, зачем отделять Бузачи от Мангышлака.
Сомневаюсь, что Балхаш и Алакольская котловина должны быть раздельно. Объединение их вполне общепринято, да они и действительно являются единой котловиной, чисто по рельефу.
Мойынкум (Муюнкум) - тут путаница получилась из-за того, что я брал за основу уже бывшее тут районирование. И не все в нем исправил. Я имел в виду другие Мойынкумы, по правому берегу Или, южнее Сарыесикатырау - сейчас это исправлено в прицепе. Таких нелепостей было еще несколько - многие Владимир отметил.
В итоге получился вот какой вариант. Я его переписал в три столбца, чтобы были понятнее уровни. И там есть примечания на полях, где что-то хотелось пояснить. Если прямо серьезных возражений не будет, то можно просто эту же схему дополнять дальше. Отмечая изменения тоже пометками на полях.