Вы не вошли. Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь.
Ветви с плодами. Саратовская обл., Саратовский р-н, опушка нагорного широколиственного леса. 20 октября 2011 г.
Здесь Вы можете высказать свои соображения по поводу растения, изображённого на этом фото.
К чему тогда этот бессмысленный разговор? Я спросил про генетические различия терна степного от типовой формы (вдруг кто-то знает соответствующие работы), а получил в ответ поток неконструктивной критики генетических методов, причем большей частью в энтомологии.
Как только прочитал про Буржуйляндию весь интерес пропал.
поток неконструктивной критики генетических методов, причем большей частью в энтомологии
А я понял несколько иной аспект. Если коротко, то смысл такой: нельзя абсолютизировать генетические методы, отвергая (опровергая) классические. А нужно искать консенсус между "генетикой" и "классикой". С конкретными примерами - пусть из энтомологии - тем ценнее - законы то одни и те же. И ситуация в ботанике аналогичная. Дискуссия помогает увидеть, что проблема не столько в генетике, сколько в кадрах. Если различия рас терна такие, как сказал Илья, а генетика пока не подоспела - то лучше оставить как есть. Эмпирические данные о живых растениях могут быть ценнее, чем "гербарные" и тем более абстрактно-фантазийные. Я не знаю эту группу, поэтому мнения нет, а только как сторонний зритель.
Так никто же не отвергает классические методы. Поэтому, на мой взгляд, это не дискуссия, а пустая болтовня. Я тоже в этих Rosaceae не разбираюсь (мое самое нелюбимое семейство), поэтому никаких конкретных решений не предлагаю, но знаю, что в современных сводках данный вид не выделяют. Согласен, что с кадрами тяжело.
Хочу в продолжение задать вопрос (я не в теме, но хочу прояснить для себя): правильно ли я понимаю, что генетические методы, используемые сейчас для принятия решений о самостоятельности таксонов, основываются на оценке разницы морфологии молекул ДНК или РНК, тогда как "классические" критерии (морфологический, физиолого-биохимический, географический, экологический) подразумевают оценку и сравнение результатов функционирования организмов?
Я бы не стал относить генетические последовательности к морфологическим признакам. А классические критерии действительно отражают не только генотип, но и воздействие на него среды (если я правильно понял вопрос).
В целом все верно, только обычно применения термина "морфология" в биологии ограничивается более крупными структурами, чем молекулы. И лично мне крайне не нравится термин "молекулярная генетика" (хотя он и часто используется), поскольку классическая генетика - это наука о закономерностях наследственности и изменчивости, в то время как большинство строителей молекулярных филогенетических деревьев понятия не имеют даже о том, за какой именно фенотипический признак отвечает та или иная отсеквенированная ими последовательность, не говоря уж о характере наследования этого признака. Они просто секвенируют и считают расстояния, не задумываясь о большем.
А нужно искать консенсус между "генетикой" и "классикой".
Полностью с Вами согласен! Проблема в том, что очень часто такой консенсус ну никак не находится, что может говорить об ошибках либо в интерпретации молекулярщиков, либо в интерпритации "классиков". Но, как правило, "классики" опираются на горы материала, добытого многими людьми за долгие годы, и серьезные логические построения, а молелкулярщики - на единственный анализ не более чем десятка особей, проведенный единственным методом, а вывод за них компьютерная программа рисует. Причем если другой молекулярщик берет иную выборку и иные методы (а их может быть бесчисленной множество, отчасти потому, что геном - очень сложная штука и почти всегда исследуются лишь крошечная его часть, возьми другую - получишь другое), то примерно в половине случаев приходит к принципиально иным выводам. Именно поэтому я убежден, что современные методы молекулярной филогении настолько далеки от совершенства, что могут рассматриваться только в качество вспомогательных, но не основных. И если уж доверять, то только нескольким независимым исследованиям, проведенным разными методами на разных выборках. Исключение, как я уже говорил - организмы, у которых совсем плохо с морфологическими диагностическими признаками, в основном микробы. Там хочешь не хочешь, а приходится верить молекулярке, потому что иные современные методы работают еще хуже.
Отредактировано Илья Оголь (2023-02-11 20:00:07)
Я бы не стал относить генетические последовательности к морфологическим признакам.
Но если сравниваются лишь последовательности нуклеотидов (это так?), то речь идёт лишь о сравнении строения молекул, но не функции. А это суть морфология, пусть и на молекулярном уровне.
Насколько я понимаю, сравнивают как раз нефункционирующие куски молекул ДНК, ибо изменчивость функционирующих сильно корректируется отбором.
Вопрос не в том, какие, а в том, что сравнивают.
А это суть морфология, пусть и на молекулярном уровне.
По сути да, но традиционно не принято так называть. Справедливости ради надо отметить, что некоторые по строители молекулярных филогенетических деревьев все-таи пытаются быть настоящими генетиками и выяснить, за синтез каких белков отвечают секвенируемые ими гены, и даже немного пофантазировать на тему их эволюционного значения, но это скорее исключение, чем правило. В подавляющем большинстве случаев до уровня фенотипа дело не доходит. Ведь программе для построения красивого дерева с отсечками межвидовых границ этого не требуется.
Отредактировано Илья Оголь (2023-02-11 20:13:52)
Насколько я понимаю, сравнивают как раз нефункционирующие куски молекул ДНК, ибо изменчивость функционирующих сильно корректируется отбором.
Да по-разному. К тому же далеко не всегда предварительно отличают одно от другого.
Было бы желание, возможность получить материал нашлась бы. Но конечно проще возмущаться на форумах, чем сделать свою серьезную работу.
Стесняюсь спросить, это как? Материал, который нужен мне - это не трупики сушеные, а биотоп, в котором обитают все три проблемных вида (или хотя бы два из них) с возможностью исследования его в течение года. Ахалай-бахалай портал из Донецка в Северную Италию открывай! Не получилось 
Наверное от моего патологического нежелания серьезно работать.
Причем если другой молекулярщик берет иную выборку и иные методы (а их может быть бесчисленной множество, отчасти потому, что геном - очень сложная штука и почти всегда исследуются лишь крошечная его часть, возьми другую - получишь другое), то примерно в половине случаев приходит к принципиально иным выводам. Именно поэтому я убежден, что современные методы молекулярной филогении настолько далеки от совершенства, что могут рассматриваться только в качество вспомогательных, но не основных. И если уж доверять, то только нескольким независимым исследованиям, проведенным разными методами на разных выборках.
Все то же самое относится к морфологическим признакам. Особенно, раз уж речь зашла о филогении, если они анализируются компьютером. С генами компьютер даже лучше работает.
Материал, который нужен мне - это не трупики сушеные, а биотоп, в котором обитают все три проблемных вида (или хотя бы два из них) с возможностью исследования его в течение года.
Чтобы попытаться опровергнуть разделение P. gallicus все же надо начинать с трупиков, если не сушеных, то спиртованных.
Ну, это точно не ко мне. У меня молекулярной лабы нет и соотвествующего образоания тоже. И не к Русиной, и не к Абашевеву. Вот и кончились российские полистологи. А вот экологически и этологически, имея соотвествующий материал (не трупики спиртованные), я бы разделил эти виды легко (если, конечно, есть что разделять). Повторюсь, объект крайне благоприятен для применения именно этих критериев.
А с трупиками уже Антропов поработал и хороших отличий не нашел. Но это еще ни о чем не говорит, поскольку трупики друг с другом не спариваются и плодовитого или не плодовитого потомства не оставляют. Равно как и ничего не рассказывают о своем прижизненном поведении и экологических нишах. Поэтому для меня является большой загадкой, как вообще можно виды описывать исключительно по трупикам (иногда в единственном числе). Нет, понятно, что если мы видим в на булавке огромную осу красного цвета с длинными усами, а ранее в этом роде были известны только мелкие желтые короткоусые, то с очень высокой вероятностью это реальный новый вид. А вот если отличия кроются лишь в форме вершинного членика антенны и степени выраженности какого-нибудь гребня, то я б таких "видов" из одного только Polistes dominula мог бы штук пять выделить запросто. И, оставаясь строго в рамках морфологии, никто бы ни смог к этому разделению придраться. Посему и спросил у тебя: какие критерии, кроме морфологического, используешь? На что, кстати, ответа не получил.
Все то же самое относится к морфологическим признакам. Особенно, раз уж речь зашла о филогении, если они анализируются компьютером. С генами компьютер даже лучше работает.
Они анализируются в правильном случае в первую очередь человеком, компьютер лишь вспомогательный инструмент. И дерево, которое выдала машина, человек всегда может подправить в соответствии с логическим анализом, проведенным в собственной голове, учитывающим не только сами признаки, но также их возможную эволюционную роль и пути формирования. Или вообще компьютер не использовать (раньше еще и рисовали от руки). В случае с генетической информацией что-либо логически осознать проблематично, остается тупо считать и верить, что вождь (алгоритм) всегда прав. Примерно как определять нейросетью на iNate, когда после десятка довольно точных попаданий вдруг получаешь определение насекомого как растения (при том, что ни одного растения в кадре нет, и даже нечего отдаленно похожего на растение, но "художник так видит"). В этом примере ошибку человеку легко выявить и исправить, а при анализе ДНК - нет. Фактически молекулярные филогенетические деревья и границы видов - типичные примеры модели "черного ящика" со всеми ее недостатками, и, что самое печальное, в большинстве случаев, обученной на нерепрезентативных данных (из весьма отдаленного таксона).
Отредактировано Илья Оголь (2023-02-12 01:13:04)
А вот экологически и этологически
можно, например, выделить украинцев в отдельный вид по признаку употребления сала.
Посему и спросил у тебя: какие критерии, кроме морфологического, используешь?
Наличие хиатуса - единственный надёжный критерий вида. Но он может быть слабо заметен, тогда нужна молекулярка. В одном случае у меня вид был довольно похожий, но сделали баркодинг, показавший 7% отличий.
Хотя есть одна история, когда я сначала заподозрил наличие двух разных видов из-за разного числа поколений в году, а потом уже нашел отличия в морфологии. Но это только потому, что поначалу у меня не было материала по одному из них, а отличия там видны сразу же.
Они анализируются в правильном случае в первую очередь человеком, компьютер лишь вспомогательный инструмент.
С 80-х компьютеры считают. Подправить можно, добавив или убавив признаки, только непонятно, зачем тогда вообще это делать.
можно, например, выделить украинцев в отдельный вид по признаку употребления сала.
Нет, этот признак не уникален для украинцев - сало употребляют также многие русские и не только. Но есть иные признаки, так что тема перспективная 
Наличие хиатуса - единственный надёжный критерий вида
Это если ограничиваться изучением трупиков. Но доказать, что это не полиморфизм, не выходя за рамки морфологии, невозможно. Габитус многих видов изменяется в широких пределах, причем дискретно. Так что надежность такая себе. Наличие репродуктивной изоляции - вот хоть сколько-нибудь надежный критерий, хотя и тут могут быть нюансы. Но трупики, как я уже говоил, не оставляют потомство вообще ни с кем, так что с прослеживанием этого критерия по трупикам беда. Вот-тут и должна прийти на помощь молекулярка - в теории. Но на практике покамест получается не очень. Но я верю, что когда-нибудь получится, и даже даю оптимистический прогноз срока этого когда-нибудь - лет через 50 (если только глобальная катастрофа не переключит внимание остатков человечества на более насущные проблемы).
но сделали баркодинг, показавший 7% отличий
-Приборы!
-200!
С 80-х компьютеры считают.
Не везде и не всем. Но сейчас уже да.
Подправить можно, добавив или убавив признаки, только непонятно, зачем тогда вообще это делать.
Нет, знающие специалисты подправляют готовое дерево, исходя из теоретических предпосылок и логических построений. Сначала показывают, что выдал компьютер, потом обсуждают смысл оного, объясняют причины возможных нестыковок и корректируют. В противном случае это будет не филогения, а чистая математика и надобность в человеке вообще отпадет. Разве что математик-программист один раз задаст алгоритм, нажмет кнопку и вуаля - всеобъемлющее древо жизни планеты Земля готово, а с ним и единственноправильная система живых организмов. Зоологи, ботаники и прочие жалкие кожаные мешки, преклоните колени и благоговейно примите сей великий дар непогрешимого высшего разума!/https://tf-cmsv2-smithsonianmag-media.s3.amazonaws.com/filer/Odyssey-HAL-470.jpg)
Отредактировано Илья Оголь (2023-02-12 20:37:43)
Наличие репродуктивной изоляции - вот хоть сколько-нибудь надежный критерий, хотя и тут могут быть нюансы.
Золотые слова!
Ну тогда очень много орхидных надо в один вид свести. И берёзы. И ивы Ибо грешат.
Я не утверждал, что для признания видовой самостоятельности группы репродуктивная изоляция должна быть абсолютной. Но я считаю, что это важнейший критерий (к большому сожалению, трудноизмеримый).
Из около 400 описанных видов офисов молекулярка показывает, что есть только 9. При этом в эксперименте последовательно скрестили 5 из них, получив плодовитое потомство. Потом видимо надоело, а то можно было бы и оставшиеся 4 добавить. В природе тоже смешиваются неплохо, если рядом растут.
Я ж не зря отметил, что могут быть нюансы. Причем разнообразие их велико. Хотя как раз по растительными гибридами у меня есть вопрос (у зоологов такого нет): когда пишут название со знаком Х - имеются виду межвидовые гибриды только первого поколения или и последующих тоже?
-Приборы!
-200!
Не понял.
Нет, знающие специалисты подправляют готовое дерево, исходя из теоретических предпосылок и логических построений.
Тогда компьютер вообще не нужен, можно сразу нарисовать, как вздумается. Что конечно не лишено смысла, но все же лучше скормить ему ген. последовательности, т.е. более объективные данные, а потом сравнивать результат со своими умозаключениями о морфологии, экологии и т.п.
Нет, этот признак не уникален для украинцев - сало употребляют также многие русские и не только.
Насколько я понимаю, у полистов тоже нет признака экологии и этологии, уникального для какого-то конкретного вида, важно разделение ниш в конкретных зонах совместного пребывания двух или более таксонов, причем разделение может тоже быть не абсолютным, а статистическим.
