Во-первых, согласен, что наличие конца и впадение куда-то - это не одно то же. Тем не менее, даже у реки Окаванго есть дельта, причём, одна из самых больших. И исчезает, согласно википедии, в болотах на северо-западе пустыни Калахари. Чем не место, куда река впадает? Но, думаю, вы и сами давно поняли, о чём шла речь.
Во-вторых, цепочки из "матрёшек" бассейнов рек были введены давным-давно, чтобы хоть как-то привязать геоточку. Понятие бассейна реки, что тогда, что сейчас, одно и тоже, все его знают. Причём, бассейны рек не всегда совпадают с физико-географическими регионами. И не вижу в этом ничего страшного, т.к. это разные сущности. А вы, как понял, хотите их совместить. Вы не хотите видеть геоточки в бассейне Волги одновременно и с восточно-европейской равнины, и с Урала. Однако они есть! Потому что водосбор Волги охватывает обширную территорию. Но лишь войдя внутрь бассейна Волги, появятся подчинённые бассейны рек, выбирай какой нужен. Ибо все бассейны рек всегда будут находиться на одном уровне, они не будут разбросаны по разным уровням. Попробуй найди тогда все геоточки из одного бассейна. Ну, найти-то можно будет при очень большом желании, а так они вот тут, все вместе. Разве это плохо? Да, бассейны не будут совпадать с нашими выделами ФГР, но водная цепочка - это совсем другое.
Третье, с какого уровня ФГР надо начинать гидрологическую цепочку? Прошу прощения за вопрос, но дело в том, что сейчас говорится о самом верхнем уровне, а ранее, вроде, как договорились, чтобы начинать со второго уровня. В настоящее время на сайте есть и то, и то.