Я бы трактовал указание в источнике двух названий так - биномиальное (чаще всего идёт первым) как "научное", а второе название, явно заимствованное из разговорного языка, как "тривиальное". Если дано лишь одно название, значит его следует относить к научным независимо от формы и происхождения.
Ещё раз повторюсь - основной критерий для выделения категорий на сайте не форма и происхождение, а распространение и употребление. Отсюда призыв использовать в сомнительных случаях собственный опыт и здравый смысл. Давайте ответим на вопрос, как часто мы слышали в научных выступлениях (читали в научной литературе) "водяная чума"? Я - никогда не слышал, видел лишь упоминания в литературе. Тот же вопрос в отношении названия "морошка". Его используют практически все и везде, в т.ч. в научной литературе, а значит, смело относим его к научным.
Что касается рода Rubus. Название "Рубус" - транскрипция, которую пытаются ввести в научный обиход из-за того, что у этого обширного рода в русском языке нет общего родового имени. Многие называют род "малиной" (я тоже ), но такое решение, видимо, вызывает отторжение у сторонников строгой логики именования таксонов, т.к. в русском языке "малина" употребляется лишь по отношению к некоторым видам.
Наконец, ещё раз подчеркну - "Плантариум" - не ботанический конгресс, наделивший себя правом определять "правильное" название для таксонов. Наша задача скромнее - учесть существующие варианты и немного классифицировать их, чтобы списки не превращались в кашу. Определение же правил именования - задача, интересная многим, но из-за большого числа затруднений до сих пор не решённая. Предвижу, что её решение выльется в пухлый кодекс, где пара-тройка простых правил будет погребена под тоннами оговорок и исключений Но ни в коей мере не препятствую ей заниматься (к примеру, здесь уже начали) и даже с удовольствием воспользуюсь готовыми правилами, одобренными всеми ведущими ботаниками России и русскоязычного ближнего зарубежья