1

(5 ответов, оставленных в Общие темы)

https://sun1-99.userapi.com/impg/AroqHv6L7bTzi6mOeZaa5OmRBZhGC0TfBjPUkA/zD8PktT42a0.jpg?size=1280x739&quality=95&sign=ca8e2174e0cb3c79ca4ddb4516d5d72c&type=album

7 октября (суббота) в 11:00

Онлайн-лекция «Плантариум: открытый онлайн атлас и определитель растений» в рамках Лектория «Флоры России»

История о проекте «Плантариум». Цели и задачи проекта. Предпосылки и поводы создания, основные идеи. Информационная структура «Плантариума»: дерево таксонов, фотографии, Красные книги, флористические списки, географические точки. Сервисы «Плантариума»: определитель растений, поиск и проверка названий таксонов. Актуальные проблемы и перспективы.

Лектор - Орешкин Дмитрий Геннадьевич, ведущий программист ООО «ТетраСофт» (г. Санкт-Петербург), администратор сайта «Плантариум», кандидат биологических наук.

Лекции осеннего семестра будут проходить онлайн. Трансляция будет проводиться на канале Центра АРХЭ: https://www.youtube.com/c/ЦентрАрхэ

Регистрация (необязательная, но поможет вам не забыть о лекции и/или немного поддержать наш проект финансово): https://arhe.msk.ru/?tribe_events=131720

2

(40 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

На китайском "Плантариуме" 8,8 млн фотографий живых растений, 5,9 млн определённых фоток, 66 тыс. видов. Догадайтесь, на каком языке этот ресурс? (Подглядел в одной из китайских презентаций на 19-м Международном ботаническом конгрессе) https://pp.userapi.com/c639325/v639325447/3633d/ciHOdisCXQo.jpg

3

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

На портале Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) опубликованы изображения 7560 образцов, хранящихся в отделе Африки, и 31794 образцов из Крыма. Работа с географическими выборками возможна в расширенном поиске (https://plant.depo.msu.ru/module/planti … fullpublic)

4

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

На портале Цифрового гербария МГУ полностью обновлено окно расширенного поиска. Боевая версия портала здесь: https://plant.mitotech.ru/

5

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

"Цифровой гербарий МГУ": публичная версия системы депозитария теперь в зоне msu.ru:

http://plant.depo.msu.ru/

6

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Ок, Дмитрий. Тогда считайте, что это слэнг, решающий неоднозначноть, поскольку для разных целей у образца еще два других ID: у него есть единый депозитарный номер и т.н. "назаровский номер".

7

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Николай, здравствуйте!

Чтобы не вести дискуссию по отдельному образцу, у меня к Вам следующая просьба. Помнится, в конце 2015 г. я Вам выслал все наши неопределенные сибирские Pulsatilla, и Вы обещали их глянуть и прислать определения. Теперь у Вас есть замечательная возможность увидеть не только содержимое папочки "sp", но и вообще все наши прострелы.
Мы заинтересованы в том, чтобы физические образцы в коллекции были определены знатоками группы.
Так что, если у Вас будет возможность проверить определения всех прострелов и выслать мне список переопределений, то мы: 1) снабдим вашими детерминанточками сами образцы (с пометкой, что определено по сканам); 2) разложим их согласно этим определениям; 3) соответствующим образом внесем поправки в систему, а через какое-то время повесим более качественные ресканы (Сибирь мы делали в начале процесса, качество у нее местами не ахти, а потому мы при первой возможности делаем ресканы - например после работы монографов). Уверен, что Вам как систематику вполне понятна наша просьба.

8

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Дмитрий, спасибо за комментарии.

1) Поля делаются на все образцы идентичные. Возможно, наружу будем делать принципиально иную веб-морду и тогда пустые поля будут скрыты.

2) MW0347430 - это именно штрихкод, который клеится физически на образец (https://plant.mitotech.ru/public/scan.j … =MW0347430 - см. правый верхний угол). Пользователям гербария без ID образца вообще жить нельзя, это точно

9

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Надежда, здравствуйте!

Вопрос качества изображения - это, прежде всего, вопрос денег. В нашем случае нам нужно 32 млн рублей, чтобы сделать коллекцию в 600 dpi. Каждый год эта сумма увеличивается на 3,2 млн, если мы верим, что инфляция в России не превышает 10%.

Гибриды зачастую в коллекции не выделены в отдельные рубашки (обложки), поскольку в их определении чаще всего не наблюдается консенсуса между ботаниками. Определения гибридов нужно искать на самих образцах глазами, залезая в родительские виды. Если когда-то этикетки будут целиком оцифрованы (цена вопроса - 80 млн рублей), то это можно будет также найти через расширенный поиск.

10

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Здравствуйте, Юрий! Спасибо за развернутый пост. Дополняю ответ Натальи.

1) Скоро появится функция обратной связи в паспортах образцов, можно будет присылать переопределения (форма будет предельно формализована). Метаданные образца более надежный источник информации, чем этикетки на нем.

2) Число строк может быть произвольным и настраиваемым для залогиненных пользователей. Логиниться можно всем. Ограничение сделано для того, чтобы результаты запроса грузились быстрее.

3) Система открыта для заливки большого объема отсканированных (или даже отфотографированных) гербарных коллекций из разных учреждений. К нам уже попросился, например, Курский университет. Но спонсировать оцифровку мы не будем. "Подать образец" работает только для пользователей, попросивших и получивших статус "Оператор коллекции" и выше. Повторюсь, изначально это система коллекционной "бухгалтерии".

4) Выгрузка не работает. Скорее всего, так и есть. Пишу в лист ожидания.

5) Масштабирование глючит. Это проблема среды, в которой работает система. Решение в листе ожидания.

11

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Отвечаю на некоторые вопросы. Сразу отмечу, что, несмотря на молодость системы, поступающие предложения заставляют нас все делать на очень высоком уровне без скидок на то, что мы и так уже свернули горы, обеспечив сканирование 785,000 образцов и их снабжение ключевыми метаданными. Что ж, будем работать.
Итак:

1) мы скоро переедем в зону msu.ru, повысится быстродействие, стабилизируются ссылки;
2) замечания и предложения всячески приветствуются, описываются мною для программистов и ставятся в очередь на исправление или доработку - пишите;
3) стабильные ссылки на все имеющиеся образцы какого-либо вида ищутся через функцию "Таксономический браузер";
4) система прежде всего заточена на обеспечение работы физических коллекций - многие функции доступны только кураторам в админзоне и внешним юзерам не видны, всякие удобства для внешних пользователей будут постепенно навешиваться на нее в качестве новых функций, но первостепенно мы решаем задачи обеспечения документооборота в депозитарии;
5) если кто-то хочет поучаствовать в пополнении паспортов образцов дополнительными метаданными - пожалуйста, логиньтесь в системе. Вероятно, зимой мы для начала дадим возможность внешним юзерам привязывать образцы к регионам (Россия) или странам (Зарубежная Азия и Африка). Это позволит заметно сокращать объем выдачи материала на поиске. Также будет запущен модуль заполнения данных с этикеток.

12

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Александр, здравствуйте! Мы уже отсканировали Крым, Кавказ, Монголию, Зарубежную Азию, Африку и все новые включения за год. После проверки сканов и индексации метаданных (т.е. ближе к январю) все выложим на портал. С учетом образцов мхов (только этикетки с конвертов) и типов (600 dpi) на портале будет около 785 тыс. сканов. Точные цифры будут позднее.

Кроме того, мы начали работу по рескану части нерезких изображений Сибири, которые были сделаны в первые дни проекта (около 3,5 тыс.) и образцов с переопределениями.

13

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Алексей Гребенюк пишет:

Ok
Спасибо!
Наталья, еще вопрос, если можно...
Брать сканы нужных образцов для публикации можно?

Дорогой, Алексей! Мы дадим Вам разрешение на это ровно через пять лет. Догадываетесь почему?

14

(18 ответов, оставленных в Растения на фото)

Ссылки нам вылечили. Вот пример: https://plant.mitotech.ru/public/scan.j … =MW0051033
Кто-нибудь проверит? Спасибо!

15

(18 ответов, оставленных в Растения на фото)

Надежда Степанцова пишет:

Посмотрела я тот образец. Нифига не видно wink А ещё больше там можно увеличивать?

Надежда, так это ж 300 dpi, а не макросъемка

16

(18 ответов, оставленных в Растения на фото)

Наталья Гамова пишет:

Да вы смеётесь что ли?  roll
я там не зарегистрирована. зайдите с главной https://plant.mitotech.ru/ и наберите в поиске salix sphenophylla
среди образцов из S4 нужный идёт с номером на -1033
для просмотра в полноразмерном изображении жмите под превьюшкой ссылку 300 dpi

Наташа, есть более простой способ, если ссылка не работает. Первое поле в окне расширенного поиска - номер штрихкода.

17

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Всем привет! Наши программисты-умницы настроили "Расширенный поиск", которым мог пользоваться только я через "Личный кабинет". Теперь все гораздо корректнее работает. Продолжаем делать все более дружелюбным для юзеров. На днях настроим умные подсказки со списками видов и районов.

18

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Новый портал гербария МГУ доступен по адресу https://plant.mitotech.ru/.

Содержит 501,892 скана образцов из отделов Восточной Европы и Сибири-Дальнего Востока. Поиск по районам гербария пока недоработан. Сортировка на больших выборках виснет. Будем считать, что это альфа-версия.

Спасибо команде "Проекта Скулачева" за титаническую работу с нуля.

Финансирование идет по гранту РНФ 14-50-00029 (Ноев Ковчег)

Жду фидбэка.

19

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Анна, спасибо! Такой же баг я увидел вчера на смартфоне. Сообщил разработчикам.

На всех страницах нашего портала появилась стандартная ссылка с просьбой сообщать обо всех найденных ошибках напрямую. Пожалуйста, пишите, чтобы мы исправляли все неточности.

20

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Кое-какие новости от общения с нашими программистами (дай бог мне здоровья):

[На просьбу по исправлению массовых ошибок]
Ответ: Вообще говоря, сейчас предусмотрено два варианта загрузки данных. Первый - это поточная загрузка, что и было проделано для Гербария. Если есть возможность скорректировать файлы, которые поставлялись, можно сделать повторную загрузку. Второй вариант - исправления через интерфейс админзоны. Если ни один из вариантов Вас не устроит - надо обсуждать работы по созданию ПО для массовой корректировки некорректных данных.

[Мой вопрос: У обычного вида Rubus arcticus нет авторов. Я стал разбираться, как так вышло. Оказалось, что в Catalogue of Life (http://www.catalogueoflife.org/col/deta … 4b242a083a) у видов, имеющих принятые внутривидовые таксоны (в данном случае – три подвида и одна разновидность), авторы не указаны. Мне нужен список таксонов (Excel), которые найдены как принятые названия в Catalogue of Life, сели на таксономическое дерево, но авторы у них отсутствуют, чтобы я их выудил из нашей гербарной БД.]
Ответ: По моему скромному мнению, а также по Техническому Заданию и Системному Соглашению, были предоставлены совершенно неполные данные. Мы их загрузили так, как удалось, и, по моему мнению, не должны готовить подобного рода отчеты.

Думаю, дал примерное представление, как у нас поставлен, к несчастью, этот процесс. Так что ошибки будут исправляться медленно.
Пока за двое суток нам поправили только обрезанные превьюшки образцов и добавили надпись [Ctrl + Enter] под кнопкой поиска. А написал я им о 24 разных ошибках.

Привет Плантариуму

21

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Юрий Постников пишет:

Pulsatilla flavescens Идентификатор: MW0073960 - вот этот экземпляр, похоже, выудили прямиком из озера Байкал; нет, не из самой середины smile   карта изначально загружается с масштабом 500 метров;  - на мой взгляд, будет нагляднее, удобнее,  если карта станет загружаться с масштабом 50 км;

Юрий, это временное явление. Пока тупо дан центроид района гербария, который у "Прибайкалья и Забайкалья" попал в Байкал. Бывает. Скоро будет в виде подсветки района. Геопривязка всех образцов для нас пока из-за трудозатратности недоступна.

22

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Анна Бойко пишет:

Окошко "Геоинформация" перекрывает "Таксономию". Не принципиально, но немного раздражает  smile

Не очень понял. Дайте скриншот, пожалуйста

23

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Интерфейс поиска крайне недружелюбный, согласен. Меня не спрашивали, когда его делали smile Будут менять на окошки полей, но не уверен скоро ли. Между мной и интерфейсом цепочка аж из трех человек.

24

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Лена Глазунова пишет:

По поводу названия окошек поиска согласна с Дмитрием.
Поиск работает, если в окно ввести просто название вида, но эта фраза про "БИОМАТЕРИАЛ - ГЕРБАРНЫЙ ОБРАЗЕЦ" как-то немного в ступор вводит. Возникает вопрос: а что ещё можно посмотреть?

Лена, еще залито около 6 тыс. зоологических образцов, поскольку система разрабатывается для всего депозитария целиком. Я сократил поиск до "БИОМАТЕРИАЛ - ГЕРБАРНЫЙ ОБРАЗЕЦ", чтобы ботаникам был доступен только гербарный  массив.

25

(491 ответов, оставленных в Ресурсы по ботанике)

Да, я на связи. Пишите обо всех багах сюда, а я буду стучать разработчикам или что-то исправлять сам.