Re: Цифровой Гербарий МГУ

27.07.
Однофамильцы: кто такая Соколова?

В Цифровом гербарии МГУ алгоритмы автоматической обработки данных завязаны на распознавании фамилии в поле "Коллектор", которое вносится операторами с этикетки "как есть". Иногда таких вариантов очень много.

Вот, например, как выглядит полная выборка из нашей базы данных по фамилии "Соколова". И несколько этикеток разных Соколовых для примера.

В настоящий момент в базу данных внесены коллекторы 757 674 образцов. Сейчас мы разрабатываем алгоритм, который позволит надежно агрегировать сборы разных людей, однозначно отделяя их от однофамильцев и, одновременно, выявляя вероятные ошибки. Насколько важно и нелегко решить эту задачу, вы теперь понимаете.

https://pp.userapi.com/c846120/v846120935/abb19/1_A25JyV_R8.jpg


https://pp.userapi.com/c845420/v845420935/adaae/eisqbSXp9No.jpg


https://pp.userapi.com/c845420/v845420935/adab8/b-KsQ4YNzqk.jpg


https://pp.userapi.com/c845420/v845420935/adac2/kHjtFzaYRqk.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

28.07.18.
Цифровой гербарий МГУ: статистика геомодуля

На 28 июля 2018 г. в нашей базе данных геопривязок содержались координаты мест сбора 249,278 образцов.

Небольшие статистические выкладки даны вот в этих табличках: можно посмотреть 10 лидирующих регионов по общему числу привязок, по числу ручных привязок (сделаны оператором или взяты напрямую с этикеток) и по числу автоматических привязок (совпадают коллектор и дата с уже привязанными этикетками).

Работа по геопривязке образцов продолжается. Наши цели просты: привязать к карте все образцы Гербария Московского университета (таких будет около 1 млн., в т.ч. 0,6 млн с территории нашей страны) и на основе этих данных создать альфа-версию "Атласа флоры России".

https://pp.userapi.com/c849228/v849228267/39746/CunzOmQOnJk.jpg


https://pp.userapi.com/c830108/v830108267/14eb69/P-z8UYMcvOA.jpg


https://pp.userapi.com/c849028/v849028267/3a412/spm5bPaRhWg.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

29.07.18.
Облако точек Цифрового гербария МГУ на 28 июля 2018 г.

Основано на 248,306 образцах, привязанных к карте.

Источник: https://www.gbif.org/dataset/902c8fe7-8 … 24fed36303

https://pp.userapi.com/c846021/v846021267/b093b/VKJcYQldYGM.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

31.07.18.
Новая загрузка геоданных с Кольского полуострова

Благодаря большой загрузке геоданных из Мурманской области, взятых напрямую с этикеток, общее число геопривязок в Цифровом гербарии МГУ превысило четверть миллиона! Большинство образцов, координаты для которых были внесены вчера в систему, собраны М.Н. Кожиным.

На утро 31 июля 2018 г. 251,581 образец Гербария МГУ имеет метку на карте.

https://pp.userapi.com/c849024/v849024976/3be42/xRUz5ezFZ1w.jpg


https://pp.userapi.com/c846524/v846524593/ad27b/eHp38yj2zJ8.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

01.08.18.
Статистика Цифрового гербария МГУ на 1 августа 2018 г.

https://pp.userapi.com/c846219/v846219226/ae2b0/tRjsPfNAvoc.jpg

Для сравнения в этом посте - точно такие же графики, сделанные 2, 5, 7, 10 и 11 месяцев назад. За длиной этих разноцветных полосочек огромный труд нашего небольшого коллектива.

Labels captured: 115 872

Эта цифра через пару месяцев увеличится до 265-270 тыс. единиц по контракту с компанией-партнером.

Georeferenced: 251 581

Здесь мы осуществили настоящий прорыв, почти вдвое увеличив число геопривязок в нашем ГИС-модуле за два месяца. Наша цель - альфа-версия "Атласа флоры России" на платформе Цифрового гербария МГУ близка как никогда. Основным источником геоданных стала загрузка данных по коллекторам и датам сбора для каждого образца, где они указаны в однозначном явном виде.

Country tagged: 893 244

Настоящий прорыв, благодаря тому, что наши сотрудники сейчас заканчивают растаску по странам отдела Средней Азии. Предварительно, образцы были сгруппированы по коллекторам и датам, благодаря чему мы уточняем верхнюю географическую привязку не для каждого образца, а лишь для одного из группы.

1 сентября 2017:
https://pp.userapi.com/c840427/v840427258/a0d/HCWU8G3uZ5c.jpg


1 октября 2017:
https://pp.userapi.com/c840233/v840233209/2b623/bhDX0B2joRw.jpg


1 января 2018:
https://pp.userapi.com/c840422/v840422968/3a50e/XiEDZVm-s_s.jpg


1 марта 2018:
https://pp.userapi.com/c830608/v830608198/9bf07/AMF7wkGZUjw.jpg


1 июня 2018:
https://pp.userapi.com/c845417/v845417572/7053c/kcse88wlQn0.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Масштаб работ поражает! Молодцы!!!!

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Спасибо!
..а сколько ещё осталось успеть до конца года  roll

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Краткая сводка за прошедший август:

17.08.
Топ-10 самых плодотворных коллекторов Гербария мохообразных МГУ

Ввод кратких метаданных для всех образцов Гербария МГУ позволил установить, сколько образцов было собрано каждым ботаником за его карьеру. Сегодня мы знакомим вас с учеными-бриологами, которые пополняли коллекции гербария мохообразных.

Учтены только образцы, в которых данный коллектор фигурирует как первый. Состояние статистики отражает коллекции на конец 2016 года, когда этот отдел гербария был оцифрован.

Итак, самые крупные учтенные в основном фонде коллекции мхов передали в Гербарий МГУ:

Михаил Станиславович Игнатов (11,4 тыс.)

Владимир Эрнстович Федосов (5,4 тыс.)

Андрей Геннадьевич Безгодов (3,3 тыс.)

Алексей Петрович Серегин (2,3 тыс.)

Владимир Гертрудович Онипченко (2,3 тыс.)

Владимир Романович Филин (1,8 тыс.)

Елена Юрьевна Чуракова (1,5 тыс.)

Людмила Ивановна Абрамова (1,3 тыс.)

Владимир Борисович Куваев (1,3 тыс.)

Елена Анатольевна Игнатова (1,2 тыс.)

Не забудем, что основные коллекции М.С. Игнатова (зачастую собранные совместно с супругой Е.А. Игнатовой) хранятся в Главном ботаническом саду РАН, а дублеты переданы во многие гербария мира. Еще около 1 тыс. образцов В.Э. Федосова оцифрованы, но не введены в базу.

Каждый год мы включаем в фонды до 2 тыс. новых образцов мхов, поэтому этот рейтинг, конечно же, будет меняться. За последние полтора года активно передавали свои коллекции М.С. Игнатов, Е.А. Игнатова, В.Э. Федосов, А.П. Серегин, М.Н. Кожин, С.В. Дудов. В отличие от рейтинга по сосудистым растениям ( https://vk.com/wall-134484155_1238 ), список коллекторов мхов крайне динамичен. Образцы передаются в коллекцию только после определения, поэтому любой бриолог имеет у себя на полках большие объемы неопределенных материалов, которые со временем пополнят коллекцию.

Полный рейтинг прикреплён в виде файла.

Аттачменты сообщения

Иконка аттачмента StatLabelCollector_20180728.xlsx 32.26 kb, 4 раз(а) скачан с 2018-09-03 

Re: Цифровой Гербарий МГУ

18.08.
Подготовка к сканированию Гербария МГУ: четвертый этап

В сентябре - октябре 2018 г. нас ожидает последний рывок. Мы завершим оцифровку фондов Гербария Московского университета.

В 2018 г. нам предстоит отсканировать гербарий из отделов Западной Европы и Австралии, а также многочисленные новые включения. Сейчас мы ведем сортировку новых включений - обширных материалов, которые поступили в гербарий и были смонтированы нашими помощниками за последний год.

Сейчас для удобной сортировки коридор перед гербарием заставлен легкими металлическими стеллажами. После сортировки образцов по географическим отделам, родам, видам и, наконец, районам, мы приклеиваем к каждому образцу штрихкод. Далее вносим краткие метаданные о каждом образце в базу данных. Это: название растения (ну, или хотя бы рода, если вид неизвестен), район гербария, коллектор, дата сбора и координаты (если они указаны на этикетке).

Именно по штрихкодам идет учет новых включений в Гербарий Московского университета. Уже известно, что в этом году мы добавим в фонды 750 образцов из Африки и 2,070 образцов из Сибири.

На очереди - сортировка и штрихкодирование новых коллекций из Восточной Европы, Зарубежной Азии, Средней Азии, Зарубежной Европы, Америки, Крыма, Кавказа, а также типовых образцов.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

19.08.

Just pics

https://pp.userapi.com/c847217/v847217094/c39d5/H6SoT45k8jA.jpg


https://pp.userapi.com/c847217/v847217094/c39df/Eip3Qp3IHHM.jpg


https://pp.userapi.com/c847217/v847217094/c39f3/lhDv79ikioI.jpg


https://pp.userapi.com/c847217/v847217094/c39fd/e0JRQh3Bkkc.jpg


https://pp.userapi.com/c847217/v847217094/c3a07/6KHe80E0VY8.jpg


https://pp.userapi.com/c847217/v847217094/c3a11/K9wMDYM-A7E.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

20.08.

Staminate flower of Prunus s. l. (Rosaceae) from Eocene Rovno amber
(Ukraine) (Sokoloff et al., 2018)

Первая статья с описанием ископаемого вида, которая в качестве ваучеров цитирует Цифровой гербарий МГУ (коллекция DigiPic).

https://depo.msu.ru/open/public/search? … division=P

https://pp.userapi.com/c850216/v850216518/675d/0jnpYLnoYHk.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

21.08.

Стажировка в Гербарии МГУ на срок до 6 месяцев для завершения работы над кандидатской диссертацией

Для участия в конкурсе РФФИ "Конкурс на лучшие научные проекты, выполняемые молодыми учеными под руководством кандидатов и докторов наук в научных организациях РФ" нам нужен молодой ученый, обучающийся в аспирантуре или готовящий диссертацию на соискание ученой степени кандидата наук (без обучения в аспирантуре).

Проект должен быть связан с изучением фондов Гербария МГУ (по какой-либо группе или территории). В качестве обязательного результата он должен включать исчерпывающий электронный каталог имеющихся у нас гербарных материалов, ставших объектом изучения. Алексей Петрович Серёгин готов обсудить с потенциальными кандидатами формат и содержание проекта и отобрать лучший для заявки этого года. Содержательная часть заявки готовится соискателем (возможно, совместно с научным руководителем), А.П. её редактирует и вводит в КИАС от лица МГУ.

В течение нескольких месяцев, помимо выполнения своего проекта, исполнитель будет участвовать в работах по оцифровке Гербария в рамках проекта "Цифровой гербарий МГУ" ( https://plant.depo.msu.ru/ ), набираясь у нас опыта.

Требования к потенциальному кандидату:
1) Возраст, не превышающий 30 лет на 31 декабря 2019 г.
2) Строго иногородний (работать/учиться в организации, которая находится за пределами города Москвы).
3) Иметь не менее одной публикации по научному направлению, соответствующему тематике Проекта.

Предпочтение будет отдано длинным стажировкам - в идеале на шесть месяцев, хотя другие сроки также обсуждаются. При этом всё это время молодой ученый должен будет находиться в МГУ. Так что убедитесь для начала, отпустят ли вас?

Заявка должна быть подана строго за полгода до предполагаемой даты начала проекта. То есть, при подаче заявки 15 сентября 2018 г. старт проекта будет не раньше 15 марта 2019 г.

Ждём ваших предварительных обращений до 20 сентября 2018 г. В прошлом году к нам обратилось трое молодых ученых, из которых ой как непросто было выбрать достойного кандидата. Дерзайте!

Подробности от РФФИ тут: http://www.rfbr.ru/rffi/ru/contest/n_812/o_2070285

Re: Цифровой Гербарий МГУ

22.08.

Когда почерк у коллектора тот ещё, а оператор не парится, то реку Зиган можно написать пятью разными способами.

Чтобы этот трэш не попал в базу, все массивы приходится внимательно редактировать.

https://pp.userapi.com/c847217/v847217278/c6daf/xUdj1TyJ7Wk.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

24.08.

Цифровой гербарий МГУ: информационная система и контент (полное описание в скриншотах). Москва, 2018. 260 с.

Moscow Digital Herbarium: a system and content (complete screenshot description). Moscow, 2018. 260 p. (in Russian).

Итак, вот изложение того, чем я жил последние три с половиной года. Шаг за шагом, день за днем, год за годом безумная идея превращалась в грандиозный замысел. Замысел - в тяжелую работу. Работа, в свою очередь, приносила плоды и невероятное ощущение того, что своими руками удалось сделать то, что, по разумному рассуждению, сделать было невозможно.

Рука об руку по этой дороге идёт вместе со мной большая компания парней и девчонок - кому-то за 80, кому-то нет и 20. Программисты, ботаники, операторы данных, пользователи портала, лаборанты гербария, помощники и просто неравнодушные люди!

Это история про то, как сегодня выглядит Цифровой гербарий МГУ. Как он развивается. Что в нем можно найти. И почему всё это обязательно нужно было сделать.

Это восьмой цифровой гербарий мира по числу сканов.

Это самая большая база данных по биоразнообразию в России.

Это то, что дал гербарию Московский университет, и то, что гербарий дал университету.

Разделы
1. Главная страница
2. Форма расширенного поиска
3. Табличная выдача результатов (расширенный поиск)
4. Форма поиска по этикеткам и OCR
5. Таксономический браузер
6. Паспорт образца: общая информация
7. Паспорт образца: фото в природе
8. Паспорт образца: этикетка
9. Паспорт образца: OCR
10. Паспорт образца: место сбора
11. Паспорт образца: хранение
12. Паспорт образца: ссылки
13. Личный кабинет
14. Личный кабинет: статистические отчёты
15. Массовый ввод новых данных: текстовые массивы
16. Массовый ввод новых данных: геопривязки
17. Цифровой гербарий МГУ: open-версия и индексация в поисковых системах
18. Цифровой гербарий МГУ в GBIF
19. Цифровой гербарий МГУ: где узнать больше?
20. О чём мы мечтаем в будущем?


Несколько скриншотов для примера:

https://sun1-18.userapi.com/c830209/v830209045/16ebbe/PUkE_bF1-0A.jpg

https://sun1-6.userapi.com/c830209/v830209045/16ebdd/dFL2FrB3Nuc.jpg

https://sun1-9.userapi.com/c830209/v830209045/16ebe7/CMnpDY-jTSA.jpg



Целиком тут: https://cloud.mail.ru/public/5b7A/WYiwWhS4D

Re: Цифровой Гербарий МГУ

30.08.

Цифровой гербарий МГУ: анонс лекций

Этой осенью нам предстоит подвести итоги 4-летней программы по оцифровке коллекций Гербария МГУ и созданию универсальной платформы документации разнообразия растений "Цифровой гербарий МГУ" (https://plant.depo.msu.ru/). Подводить итоги мы будем в Иркутске, Новосибирске, Москве и Петербурге!

Научный руководитель проекта А.П. Серегин выступит с научно-популярными лекциями и пленарными докладами на пяти ключевых мероприятиях этой осени.

Иркутск, 11 сентября
http://bit.icc.ru/

Новосибирск, 8 октября
http://conf.nsc.ru/csbg2018/ru/info_letter

Москва, 15-16 октября
http://zmmu.msu.ru/spec/konferencii

Санкт-Петербург, 15-17 ноября
https://culturalforum.ru/

Москва, 28 ноября
https://conf.msu.ru/rus/event/5134/

Re: Цифровой Гербарий МГУ

31.08.

Цифровой гербарий МГУ: 25 цитирований в Google Scholar

Нынешний портал Цифрового гербария МГУ был запущен 17 октября 2016 г. Спустя несколько месяцев он переехал на доменный адрес https://plant.depo.msu.ru/ в нашей корпоративной зоне "msu.ru". С этого времени портал стал индексироваться поисковыми роботами и активно использоваться в научной работе учёными России и мира.

На данный момент уже 25 статей, проиндексированных в Google Scholar, ссылаются на Цифровой гербарий МГУ в качестве электронного ресурса.

Общее число упоминаний портала https://depo.msu.ru/ достигло 31. Таким образом, источником 80% ссылок на портал Национального банка-депозитария живых систем МГУ является его ботаническая часть.

https://pp.userapi.com/c850132/v850132648/15f46/Bnb1LbN4fYQ.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Наташа! Этикетка с Festuca - безусловно написана рукой Нины Леонидовны Соколовой; она же "скрывается" за аббревиатурой "Н.Л. Соколова". Незабвенная Нина Леонидовна была настоящим Учителем нескольких поколений ботаников (и моим, в том числе) и почти всю жизнь работала на кафедре биогеографии географического факультета МГУ, которую заканчивали и Вы с Серегиным. Я понимаю, что по возрасту Вы Нину Леонидовну не застали в живых, но почерк ее не может не знать НИ ОДИН выпускник нашей кафедры, регулярно работавший в MWG.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Михаил Максович, спасибо!
Не застали (наш курс уже...) - но в рассказах обязательно про неё нам говорили.
И портрет, кажется, до сих пор там (на БГ) есть её..