Re: Цифровой Гербарий МГУ

18.05.
Цифровой гербарий МГУ: картографическая визуализация результатов поиска

ГИС-модуль Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) - самая активно растущая часть системы. Сегодня она содержит координаты мест сбора 123 983 образцов. До недавнего времени увидеть эти точки на карте можно было только через страничку нашего датасета в GBIF и его поисковые формы ( https://www.gbif.org/dataset/902c8fe7-8 … 3/activity ).

Недавно мы сообщили о том, что в Цифровом гербарии МГУ заработал геопоиск по координатам. В поисковой форме появилась иконка-ссылка, ведущая на карту (здесь: https://plant.depo.msu.ru/module/planti … abelpublic ).

Логичным продолжением внедренного геопоиска является картографическое отображение поисковых результатов (их получает юзер в виде таблицы). Итак, в результатах поиска справа вверху появилась новая заметная кнопка "Показать на карте", которая отправляет на карту помеченные галочками образцы.

Для оптимизации алгоритма отображения точек введена автоматическая кластеризация пунктов сбора. Это кружки с числом реальных образцов, собранных недалеко друг от друга. Shift + даблклик при наведении на такой кружок приведут вас на поисковую табличку именно с этими образцами, которая будет открыта в отдельном окне.

Система внедрена благодаря сотрудничеству программистов НИИ ФХБ им. Белозерского и кафедры картографии геофака МГУ. Мы стали еще на один шаг ближе к полноценному "Атласу флоры России" на платформе Цифрового гербария МГУ.

https://pp.userapi.com/c824504/v824504736/13dc1e/lFeFk769klc.jpg


https://pp.userapi.com/c824203/v824203768/1400cf/by7qlnQODOY.jpg


https://pp.userapi.com/c824504/v824504736/13dc28/OtrKCKwQZBE.jpg


https://pp.userapi.com/c824504/v824504736/13dc32/VLr2LLlceeM.jpg


https://pp.userapi.com/c824504/v824504736/13dc3c/urpsXfmm72I.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

В общем, посмотрел я орхидеи (Крым, Кавказ). Ниже привожу то, что на мой взгляд не корректно.

Переопределения образцов (я их также отправил через форму «сообщить об ошибке»):

MW0606194 – Orchis provincialis
MW0606428 – Cephalanthera longifolia
MW0606495 – Epipactis krymmontana
MW0606496 – Epipactis krymmontana
MW0606497 – в центре Epipactis persica (остальные два определены правильно)
MW0606508 – думаю, что это Epipactis distans (=Epipactis helleborine subsp. orbicularis)
MW0606516 – думаю, что это Epipactis distans (=Epipactis helleborine subsp. orbicularis)
MW0639867 – Ophrys mammosa subsp. caucasica
MW0639876 – Anacamptis pyramidalis
MW0657774 – Ophrys mammosa subsp. caucasica
MW0657775 – Ophrys oestrifera
MW0657776 – Ophrys apifera
MW0657778 – Ophrys apifera
MW0657779 – Ophrys mammosa subsp. caucasica
MW0657786 – Ophrys apifera
MW0657919 – Anacamptis laxiflora subsp. dielsiana
MW0657920 – я не вижу, что это, но точно не Orchis mascula
MW0657980 – Orchis mascula
MW0657988 – Orchis mascula
MW0657991 – Orchis mascula
MW0658016 – Orchis mascula
MW0658048 – Dactylorhiza romana subsp. georgica (=Dactylorhiza flavescens)
MW0658746 – это должно быть Epipactis condensata
MW0658752 – Epipactis persica
MW0658754 – точно не Epipactis pontica, скорее всего Epipactis condensata
MW0658760 – Epipactis persica
MW0658769 – Epipactis persica
MW0658771 – Epipactis condensata
MW0658782 – Epipactis persica
MW0658792 – справа не Epipactis microphylla, не знаю что именно

Помимо этого, есть некоторые таксономические замечания (которые я не отправил через ту форму):

Типовая серия Epipactis helleborine subsp. transcaucasica (MW0591773–MW0591781) отнесена к Epipactis helleborine, но на самом деле этот таксон относится к Epipactis persica (жду выхода статьи с синонимией). Хотя типовая серия, похоже, что состоит из нескольких видов.

Сборы с номерами MW0658749–MW0658751 очевидно не Epipactis helleborine, но я не знаю, что это (попадается уже не первый раз).

Далее, все Orchis militaris из Крыма и Кавказа относятся к O. militaris subsp. stevenii (=Orchis stevenii).

Orchis palustris и Orchis laxiflora. Образцы с запада Украины должны относиться к Anacamptis laxiflora subsp. laxiflora, с Кавказа и Средней Азии – к Anacamptis laxiflora subsp. dielsiana, все остальные – к Anacamptis laxiflora subsp. elegans.
Anacamptis laxiflora subsp. palustris растет у нас только в Прибалтике (Куропаткин, Ефимов, 2014).

Все Orchis picta в гербарии относятся к Anacamptis morio subsp. caucasica, Anacamptis morio subsp. picta на восток доходит до лишь Италии и юга Франции.

Все Orchis purpurea с Кавказа относятся к Orchis purpurea subsp. caucasica.

Все Serapias vomeracea в гербарии относятся к Serapias orientalis subsp. feldwegiana.

Вопрос с Cephalanthera floribunda пока не решен, но очевидно, что это не Cephalanthera kurdica (=Cephalanthera floribunda). Скорее всего, это Cephalanthera epipactoides.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

О!
Александр, спасибо огромное за такую работу!
То, что не переопределения отдельных образцов - напишите АП Серёгину, хорошо?

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Хорошо, написал.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

21.05.18.
OCR Сибири и Дальнего Востока: что читают роботы?

Почему нужно делать чистовые гербарные этикетки напечатанными? Всё очень просто: в этом случае их могут прочитать не только люди, но и машины.

Сегодня утром мы загрузили в Цифровой гербарий МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) результаты оптического распознавания текста отдела Сибири и Дальнего Востока. Из 163 740 образцов только для 83 509 образцов это процедура дала значимый результат (мин. 100 знаков, при этом не менее 5 значимых слов). Это значит, что только 51% этикеток имели элементы, которые можно распознать.

Общее число OCR-расшифровок Цифрового гербария МГУ составило 151 278 штук. В это число не входят образцы, у которых в систему и без того загружен полный текст этикеток (ещё 104 440).

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Коллеги!

все разъезжаются на лето; новостей будет немного.
На всякий случай - страница Гербария вот https://vk.com/mw_herbarium (здесь все записи - копии оттуда).

Она открытая, никаких регистраций не нужно.
Если что-то там посмотреть - то можно в свободном доступе.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Спасибо, Наталья! Удачных всем поездок!

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Наташенька, удачной охоты!

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Спасибо)
постараюсь летом раздобыть что-нибудь интересненького в гербарий и на фотграфиях)

/что-то мы отвлекаемся от темы  roll /

Всем отличного поля!