Цифровой Гербарий МГУ (Страница 10 из 20)

(продолжение)

Если подвинуть полосу прокрутки тут, в геопривязке, вниз - будет видна расшифровка обозначения точности (она может быть разной в зависимости от точности описания местоположения в тексте этикетки и наличия\отсутствия координат)

Тут, как видно, она точечная.

Ну, и ещё два поля - Депозитарное хранение - там прописано, где физически находится образец

И Библиография - там ссылки на базы данных, Плантариум и возможные публикации (у данного образца нет (пока- или вообще) упоминаний на публикации.

Спасибо за инструктаж!  "Ноев ковчег" rulez!

28.02.  Америка индексирована по странам!

Эта работа целиком сделана нашими волонтерами. Накануне Нового года мы раздали задания: блоки по 500 образцов, у каждого из которых нужно было определить страну происхождения. Для 80% образцов страна была ясно указано на этикетке, а вот для остальных 20% нужно было копаться в Интернете, атласах и справочниках, ломать голову над почерком. В общем, понемногу задача была к концу февраля решена.

Оценить общее число участников этой большой работы почти невозможно. Помимо наших подписчиков, которые получили задание напрямую, помощь в этой работе оказали студенты Филиала МГУ в Севастополе под руководством Е. Беликиной.

Свои блоки сделали Елизавета Денисова, Илья Федюшко, Владимир Береснев, два блока - Нана Кондратьева. Почти 3 тыс. образцов привязала к странам практикант из Мос. пед. университета Дарья Туманова.

Уточненными метаданными снабжено 9,5 тыс. образцов из 12,5 тыс. Большинство образцов нашего американского гербария, как выяснилось, происходит из США, Канады, Гренландии, Кубы и Парагвая. Другие страны встречаются гораздо реже. Из некоторых государств (например, Белиза или Венесуэлы) выявлено всего по одному гербарному образцу.

Огромная благодарность за коллективный труд: это был интересный опыт организации процесса.

PS. В заначке у нас еще есть пара блоков американского гербария для желающих.

04.03
Статистика Цифрового гербария МГУ на конец февраля 2018 г.

Оксана, количество таксонов вряд ли можно вывести..
(уточню, но вроде так и есть, потому что принятые в коллекции названия - обычно те, что в отечественной систематике приняты - они далеко не всегда совпадают с "внешней" базой данных, т.е. и числа будут разными, и подсчёты не идут).
И проще их просматривать в таблице выдачи результатов расширенного поиска https://plant.depo.msu.ru/module/itemsearchpublic

14 января 2018 Наталья рассказала о "внутренней кухне" гербария MW. А именно, о процедуре. О том, КАК гербарий становится цифровым. Здорово, спасибо. Фактически, это приглашение к диалогу.) Давайте обсудим :-)
Еще раз, кратко, эта процедура, насколько я ее понял:
1) "программа-ридер автоматически присваивает файлу номер по штрихкоду" (= номер становится именем файла)
2) получаем файл в формате xls со столбиком, в котором содержатся имена (=номера) файлов
3) этап стандартизации номенклатуры (пункты 6 и 7 у Натальи). Здесь, насколько я понял, в файл со столбиком имен (номеров) файлов - вручную - заполняется название вида с этикетки, а также район;
4)потом, этот файл правится, исправляется; = при помощи "скрипта" (фунция ВПР, встроена в эксель) "сравнивается" с "эталонным" файлом-списком названий видов (= "стандартный перечень принятых в коллекции названий")
5) далее ручная правка "невставших" имен
6) далее программисты грузят сканы на портал, используя получившийся файл, как "ключ" (=перечень ключей)
7) Victoria!

Если все так, то вы в одном шаге от того, чтобы желающие гербарии, имеющие кучу сканов, попали к вам;
гербариям нужно приготовить этот, подобный, - предварительный! - ключ-файл;
а именно, файл, описанный выше в п2 и п3;
и передать его вам вместе со сканами;
п4, п5, и п6 - это уже ваша работа; большей частью - автоматизированная;

теоретически, можно попробовать; для опыта нужен один смельчак-гербарий,
и 10 его сканов;

В Плантариуме одна база, а там сразу две, поэтому подсчёты убраны.

Можно просто загрузить себе экселевскую табличку и смотреть в ней..

в этой табличке выгрузки результатов по всему району E3a нажать сперва "все строки" (в выпадающем окне тоже отметить галочкой "все строки") - в открывшейся полной таблице выделить всё (нажать на пустой квадратик в верхней левой ячейке таблицы) - и когда они выделятся все (будут покрашены жёлтым) - нажать справа вверху значок таблицы эксель - и по ссылке скачать таблицу.

Написала Алексею Петровичу, как ответит - скажу.

16.03
Модуль таксономии гибридов

Гибриды, имеющие бинарные названия, в Цифровом гербарии МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) рассматриваются наряду с биологическими видами. С такими названиями (например, Salix × onusta Besser или Geum × intermedium Ehrh.) у нас не возникало особых проблем, поскольку их стыковка с номенклатурой международных баз идет по родовому названию и имеющемуся видовому (точнее, нотовидовому) эпитету.

Другое дело - растения, которые определены с помощью гибридной формулы. Таких довольно много среди Salix, Dactylorhiza, Viola и ряда других родов. Мы разработали и внедрили модуль, который распознает в гибридной формуле родительские виды и "цепляет" к ним стандартный ID (и номенклатуру) с единого таксономического каркаса Цифрового гербария МГУ.

Так, например, образцы, имеющие название в коллекции "Crepis nigrescens × tectorum" автоматически приобретают стандартизированную гибридную формулу "Crepis nigrescens Pohle × Crepis tectorum L." (в этом случае, названия в коллекции и в международных базах совпадают).

Есть и более заковыристые варианты. Например, образцы Polygonum aviculare × calcatum автоматически тэгируются как "Polygonum aviculare L. × Polygonum arenastrum subsp. calcatum (Lindm.) R. Wisskirchen". На скриншотах даны некоторые примеры работы модуля.

В целом, мы нечасто храним растения, определенные как гибриды, в шкафах в отдельных гибридных обложках. Это связано с тем, что разные исследователи трактуют уклоняющиеся образцы то как свидетельство гибридизации, то как результат проявления изменчивости видов. Особенно часто такие разночтения встречаются в родах Salix и Carex. В связи с этим, гибриды стоит искать, прежде всего, среди родительских видов (например, у Pilosella).

примеры на скриншотах:

19.03.
OCR как инструмент поиска ошибок индексации

Как мы сообщали недавно, этикетки мхов Цифрового гербария МГУ были массово загружены в Центр обработки данных МГУ для оптического распознавания текста. Здесь - о примере практического использования полученных данных.

Все сканы Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) уже во время сканирования индексируются по двум параметрам - таксономия и география. И там, и там возможны ошибки, возникающие по нескольким причинам.

Например, географическая индексация образца идет по районам гербария (на картинке карта районирования гербария мхов). Случайно образец мха, собранный, например, на Чукотке (район 21), мог оказаться приклеенным на одну подложку с образцами с юга Дальнего Востока (район 20). Позднее, уже во время сканирования оператор мог случайно пометить образцы из района 15 как образцы из района 16. Совершенно естественно, что на 78 тыс. образцов гербария мохообразных таких ошибочек накопилось несколько сотен.

Читать глазами (хотя бы бегло) этикетки каждого образца чудовищно долго, да и взгляд оператора при этом быстро притупляется. Мы воспользовались тем, что 55 тыс. образцов мхов имеют печатные этикетки и были распознаны во время OCR. С помощью простых запросов, на которые ушло не больше часа, мы отловили большинство ошибок географической индексации.

Итак, в поле OCR мы вносили через запятую все возможные варианты написания регионов данного района и прочих ключевых слов, характерных только для этого района. Например, для района 21 этот запрос в поле OCR был примерно таким: "Чукотка, Камчатка, Командор, Врангеля, Магадан" + то же самое на английском. Параметр поиска был при этом "Искать не в районе 21". Система за доли секунды выдавала все такие образцы (от 5 до 50 "потеряшек" для каждого района), которые мы бегло проверяли глазами, а затем сохраняли исправленную географию в систему.

(коды районов для гербария мхов)

Оу. Про них много не скажу - сама смотрела сейчас..
если в направлении "животные" открыть "коллекции" - там, в общем, перечислен состав
в насекомых 623 образца сейчас значатся 

17.03.18.

AMUR-100

Вчера на GBIF мы опубликовали большую новую базу данных. Коллектив авторов-сотрудников Гербария МГУ в составе С.В. Дудов, К.В. Дудова, Н.С. Гамова при участии нескольких помощников по гранту РФФИ 16-35-00505 ( https://istina.msu.ru/projects/17174586/ ) создал точнейшие карты распространения ста модельных видов в бассейне Амура. Страница датасета тут: https://www.gbif.org/dataset/0c7bd9e3-d … 145361ff48

Всего в базе данных числится 12,371 привязанная к карте находка, каждая из которых основана на гербарных образцах из семи гербариев России. Этот кропотливый труд занял у коллектива почти два года. Из Гербария МГУ было учтено 1694 гербарных образцов, сведения о которых также пополнят Цифровой гербарий МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ).

Представленная карта составлена на основании следующих российских коллекций: LE, MW, MHA, VLA, VBGI, NSK, и TK. По сути, это карта географической изученности флоры российской части бассейна Амура и прилегающих территорий.

Это еще один шаг на пути к созданию "Атласа флоры России". На сегодняшний день Московский университет опубликовал в GBIF сведения о 1,070,722 находках растений со всего земного шара, в т.ч. 227 тыс. находок с координатами.
( https://www.gbif.org/dataset/902c8fe7-8 … 24fed36303 )