Re: Цифровой Гербарий МГУ

28.11

Можно ли целиком скачать весь Цифровой гербарий МГУ?

Сами изображения скачать пакетно нельзя. Впрочем, они всегда доступны в Интернете на нашем портале https://plant.depo.msu.ru/ . Да и подумайте: где Вы будете хранить весь этот объем графических данных?

Другое дело - метаданные.

Это разнообразная текстовая информация, которой сопровождаются сканы образцов. Так, для всех образцов у нас есть всевозможная таксономическая информация (название в коллекции, принятое название, верхняя таксономия) и обобщенная географическая привязка по районам гербария и странам. Для 75 тыс. образцов оцифрованы текстовые данные с этикеток, для 34 тыс образцов в свободном доступе есть геопривязки (координаты пункта сбора). С этой информацией удобно работать офлайн.

Эти табличные метаданные можно получить двумя путями.

1) Скачать xlsx-файл из результатов расширенного поиска (иконка справа вверху). Ограничение - 20 тыс. записей. Язык массива русский. Учетка не нужна.
https://pp.userapi.com/c834302/v834302872/3b6e9/05Ajf14C4bA.jpg

2) Скачать табличку в GBIF через функцию "Download" на страничке нашего датасета ( https://www.gbif.org/dataset/902c8fe7-8 … 24fed36303 ). Ограничения отсутствуют. Язык массива английский. Предварительно нужно сделать себе учетку.
https://pp.userapi.com/c841230/v841230872/3d0a1/p1zcOa1BWG4.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

29.11

Новые геопривязки для Кавказа

Мы продолжаем обрабатывать массив 25 тыс. этикеток Кавказа, загруженный в систему месяц назад. Вчера мы загрузили в Цифровой гербарий МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) геопривязки еще для 4,5 тыс. образцов - 3 тыс. ручных и 1,5 тыс., пойманных алгоритмом ИСТРА.

Благодаря наличию оцифрованных и структурированных текстовых данных скорость ручной геопривязки увеличилась примерно в 10 раз, ведь число пунктов сбора в несколько раз меньше числа самих образцов.

На представленной карте многочисленные точки слипаются в цветные шестигранники. Темно-оранжевая заливка означает близкое местонахождение от 100 до 1000 образцов. Выделяются черноморское побережье, Карачаево-Черкесия, Центральная Армения, Апшерон и Талыш.

https://pp.userapi.com/c834301/v834301995/3c8f6/K0qC21IRFN4.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

30.11

После заливки 7,5 тыс. пар коллектор-дата для очередной порции этикеток Крыма число геопривязок в Цифровом гербарии МГУ достигло 40 тыс.

Всем участвующим и сочувствующим спасибо!

Это действительно грандиозное достижение

Re: Цифровой Гербарий МГУ

1.12

Узнать названия растений из места, где Вы впервые

Благодаря сотрудничеству Цифрового гербария МГУ и GBIF это стало просто! Простая инструкция из семи скриншотов.

1. На портале https://www.gbif.org/ кликните на раздел "Occurrences".
https://pp.userapi.com/c834400/v834400743/401c4/3ANKKkODS-Y.jpg

2. Настройте фильтры справа: "сосудистые растения" (Tracheophyta)...
https://pp.userapi.com/c834400/v834400743/401ce/oM6sHCAdvIU.jpg

3. ...и "изображение" (image)
https://pp.userapi.com/c834400/v834400743/401d8/jW3Wa_mjHP4.jpg

4. Кликните на слово "Карта" (map) и нажмите Yes, когда система спросит, показывать ли образцы с ошибочными геопривязками.
https://pp.userapi.com/c834400/v834400743/401e2/86JkflcPlNw.jpg

5. Выберите инструмент выбора прямоугольника и обведите нужный участок земной поверхности (например, мыс Казантип в Крыму)
https://pp.userapi.com/c834400/v834400743/401ec/15ItHHtM3DU.jpg

6. В конце появившегося перечня выберите "Use as location filter".
https://pp.userapi.com/c834400/v834400743/401f6/MnueURE2wYs.jpg

7. В полученном перечне образцов нажмите на слово "Галерея" и получите сканы всех образцов (а еще и фото живых растений, если таковые есть).
https://pp.userapi.com/c834400/v834400743/40200/8PXI1H8fM5U.jpg

И вот перед Вами 290 сканов гербарных образцов, собранных на Казантипе и хранящихся в Гербарии МГУ.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

3.12

В Гербарий МГУ целиком передан Гербарий Бадхызского заповедника

Далекий Бадхыз... Это в Туркмении, близ Кушки - самого южного пункта Советского Союза. Аккурат на границе с Афганистаном.
https://pp.userapi.com/c841327/v841327040/479f5/qHDjU5zl-l0.jpg

В 1994 г., когда новый туркменский уклад жизни окончательно вытеснил здравый смысл, науку и русскую интеллигенцию, Александр Семенович Шаповалов, работавший с 1983 г. замдиректора по научной работе в Бадхызском заповеднике, вывез в Россию себя, семью, скарб и ценный научный гербарий заповедника. В общем, спас ботанические сборы.

Долгое время гербарий лежал в запасниках заповедника "Белогорье", где А.С. стал директором, и не был вовлечен в активный научный оборот. Гербарий представляет, в основном, разнообразную весеннюю флору Бадхыза и собран преимущественно в период с 1988 по 1992 гг.

В 2017 г. благодаря решению самого А.С. Шаповалова, а также усилиям Н.М. Решетниковой (ГБС РАН) и А.С. Беэра (МГУ), гербарий Бадхызского заповедника объемом около 1 тыс. образцов был передан в Московский университет. Нам осталось смонтировать буквально полпачки и крупнейшее разовое включение в туркменский отдел Гербария МГУ станет реальностью. Осенью 2018 г. образцы будут отсканированы и размещены на портале https://plant.depo.msu.ru/ .

Гербарий Бадхызского заповедника стал вторым за последнее время собранием, целиком переданным в Гербарий МГУ. В 2016 г. мы включили в наши фонды коллекцию из лаборатории устойчивости лесных экосистем Костромского государственного университета, ставшую ненужной после закрытия лаборатории.

Если у кого-то есть информация о других больших и малых гербарных коллекциях, судьба которых в ближайшие годы может оказаться печальной, обязательно дайте нам об этом знать!

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Наталья Гамова пишет:

1.12

Узнать названия растений из места, где Вы впервые

Сходу нашёл ошибку. Выбрал точку в основании Арабатской стрелки.http://forum.plantarium.ru/misc.php?action=pun_attachment&item=17963&download=0
А вот этикетка: Биостанция близ Карадага.
http://forum.plantarium.ru/misc.php?action=pun_attachment&item=17964&download=0

Отредактировано Павел Евсеенков (2017-12-04 14:13:48)

Аттачменты сообщения

Иконка аттачмента 2017-12-04_135854.jpg 64.77 kb, 3 раз(а) скачан с 2017-12-04 

Иконка аттачмента 2017-12-04_140034.jpg 201.9 kb, 11 раз(а) скачан с 2017-12-04 

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Павел, для сообщений о любых ошибках на сайте https://plant.depo.msu.ru/open/ есть форма обратной связи на страничке паспорта образца (вверху - сообщить об ошибке).
Наберите прям по номеру, как есть, mw  далее цифры - откроется нужный. Там перейдите на "полная карточка" и пишите.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Сегодня на портале https://plant.depo.msu.ru/ опубликован гербарий Средней Азии. 

Получился подарок к 88-летию Заведующего Гербарием проф. Вадиму Николаевичу Павлову  smile

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Наталья Гамова пишет:

2. Настройте фильтры справа: "сосудистые растения" (Tracheophyta)...

имеется в виду - слева?

Re: Цифровой Гербарий МГУ

попробовал; круто;
на Плантариуме подобное разве есть? (флористические списки не в счет)

Re: Цифровой Гербарий МГУ

..эээ. слева, да.
Надо же - не заметил никто  roll

У нас на Плантариуме можно просматривать как списки, так и галереи видов через каталоги Административных и Физико-географических регионов - на любом уровне нажимаете нужный регион правой кнопкой - и выбирайте список видов или галерею. Галерею будет видно всю сразу целиком, а список, как и все списки на сайте, можно сортировать по семействам.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Наталья Гамова пишет:

Простая инструкция из семи скриншотов.

Инструкция очень хороша. Спасибо.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Борьба за качество

В октябре 2017 года мы силами компании-партнера пересканировали 10 пачек сложноцветных из отдела Сибири и Дальнего Востока.

В 2015 году, когда проект перевода в цифру второго по величине гербария России только начинался, у нас не было достаточно знаний и опыта для оценки качества сканов. Спустя два года стало очевидно: некоторые (правда, небольшие) массивы придется переделывать. Лёгкий расфокус, нарушение цветопередачи и неравномерность освещения - основные причины, по которым мы отправляем образцы на массовую переделку.

Вчера мы опубликовали в Цифровом гербарии МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) обновленные изображения для 787 образцов. Это "начало" сложноцветных Азиатской России - от сушеницы до тысячелистников (по системе Далла-Торре и Гармса). Для примера два скриншота образца MW0144479. Разница налицо.

Не надо бояться признавать ошибки - их надо исправлять!

https://pp.userapi.com/c831109/v831109983/19c4b/vfW6lxnGpp4.jpg

https://pp.userapi.com/c831109/v831109983/19c5e/YDGt2lup8-w.jpg

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Коллеги, и важное замечание: в ноябре в гербарии MW работала С.В. Овчинникова - специалист по сем. Boraginaceae.
В первую очередь это Сибирь, Монголия и Средняя Азия; рода Lappula и Eritrichium. Довольно большой массив образцов был переопределён.
Это было уже после сканирования, поэтому сейчас выложенные гербарные образцы ещё представлены "как есть", до переопределения. Ресканы будут в аналогичном сезоне на след. год.

Из наиболее массовых авторских переопределений, которые успели провести до сканирования (т.е. они будут отображены в обновлённом варианте уже за этот год) - это работы по орхидным, выполненные П.Г. Ефимовым.

Так что порядок постепенно прибавляется)

Обо всех случаях ошибки пожалуйста, сообщайте через форму обратной связи (красная кнопка "сообщить об ошибке" на страничке каждого образца)

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Американский отдел Гербария МГУ теперь онлайн

12 186 образцов и свыше 6 тыс. таксонов - это отдел Америки Гербария Московского университета. Долгое время наш американский гербарий лишь изредка привлекал внимание исследователей как источник препаратов пыльцы и ДНК дальних родственников наших растений.

В октябре 2017 года компанией-партнером этот интереснейший массив был переведен в цифру, а сегодня он опубликован на портале https://plant.depo.msu.ru/ .

Примерно поровну в гербарии представлены Северная и Латинская Америка. Сборы из Северной Америки по обмену были получены из Канады, Аляски, основной части США и Гренландии. Это значительные материалы по голарктическим (циркумбореальным) видам, которые являются ближайшими молодыми родственниками наших северных растений.

Латинская Америка представлена двумя большими коллекциями - дублетами Эльзы Матильды Зардини из Паргагвая, которые долгое время поступали к нам по линии международного обмена из Миссури, и большой оригинальной коллекцией А.Г. Еленевского с Кубы, где известный профессор МПГУ провел долгое время.

Пока американские сборы не имеют атрибуции по странам, но это вопрос ближайшего времени.
Подробнее про американский отдел Гербария МГУ написано в Википедии:
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%97%D0 … 0%BA%D0%B8

Если есть желающие поволонтёрить - пишите!

Задача простая.

Вот в такую табличку, используя гиперссылку со сканом образца, заносить страну происхождения образца. Это нужно для первичной геоиндексации 12 тыс. сканов из Америки. Принцип ввода простой - не уверен, пропускай. Пишите в личку!

https://pp.userapi.com/c824410/v824410014/62502/VAjuYm3xFiw.jpg
Каждому достанется по небольшому кусочку.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Новая Зарубежная Азия: включения 2017 года

Мы публикуем к Новому Году все сканы многочисленных новых включений за 2017 год. 22.12 в Цифровой гербарий МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) была загружена новая порция изображений - 873 скана образцов из отдела Зарубежной Азии (т.е. Азия без бывшего СССР и Монголии).

В октябре 2016 г. мы оцифровали фондовую коллекцию Зарубежной Азии - 23,640 образцов, собранных на обширных пространствах от Средиземного моря до Тихого океана. И вот - новые включения, в т.ч. видов, ранее вовсе не представленных в нашем гербарии.

* Обзор новых коллекций по странам *

Китай - 338 листов, в основном юго-восточные тропические провинции. Основных источников два: совместная советско-китайская экспедиция 1955 г., сборы которой поступили в виде дублетов из БИНа, и сборы Н.А. Вислобокова и М.С. Нуралиева, сделанные осенью 2016 года совместно с китайскими коллегами. Небольшая, но важная коллекция горцев М.В. Олоновой поступила от монографа рода О.В. Юрцевой.

Вьетнам - 217 листов. Флору Вьетнама продуктивно продолжает изучать М.С. Нуралиев, который с соавторами описал из этой страны более 10 новых видов. Этот год не стал исключением!

Иран - 124 листа и Турция - 65 листов. Продолжает обрабатывать и передавать в Гербарий МГУ свои ближневосточные материалы Д.Ф. Лысков. Во многом благодаря его работе в Курдистане, Гербарий МГУ входит в десятку крупнейших поставщиков e-данных по гербарным коллекциям из обеих указанных стран. Постоянные запросы турецких и иранских коллег, обращенные к нам, - прекрасное тому подтверждение.

Израиль - 45 листов. Основной источник материалов - постепенно разбираемые и определяемые А.П. Сухоруковым его коллекции по маревым, а также заносным растениям земли обетованной.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Новая Африка: включения 2017 года

В  Цифровой гербарий МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) загружена еще одна порция новых изображений - 766 сканов африканских образцов.

Почти все они собраны в Эфиопии двумя известными исследователями - Вадимом Николаевичем Павловым и Дмитрием Анатольевичем Петелиным. В 1980-90-х гг. в Эфиопии работали многочисленные отряды совместной Советско-эфиопской (позднее Российско-эфиопской) биологической экспедиции. Павлов и Петелин провели в этой стране больше года каждый, собрав большой и исключительно богатый гербарий. Спустя 20 лет мы продолжаем ежегодно вкладывать в фонды сотни эфиопских образцов. 2018 год не будет исключением.

Заливные саванны Гамбелы и дождевые леса Бале, высокогорья и рифтовые долины, заповедники и сельхозстанции - разнообразие эфиопской природы впечатляет. Даже простое рассматривание этих растений через функцию "Галерея" доставляет удовольствие.

На сегодняшний день мы отсканировали 2,250 эфиопских образцов, при этом 1,196 листов имеют точные геопривязки.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Новый Кавказ: включения 2017 года

Мы загрузили на портал Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) 1599 сканов кавказских образцов, поступивших к нам в течение 2017 года. Теперь общий объем фондов кавказского отдела составляет 99 031 образец.

Среди поступивших материалов - 18 видов, которые раньше вовсе отсутствовали в Гербарии МГУ. Это: Alchemilla divaricans, Alchemilla persica, Centaurea gulissachvilii, Crataegus razdanica, Euphrasia townsendiana, Isatis sevangensis, Primula tournefortii, Pyrus pseudosyriaca, Stipa prilipkoana, Taraxacum stenocephalum и другие.

А вот какие коллекции мы включили за 2017 г.:

Черноморское побережье Кавказа (K3) – 604 листа (преимущественно сборы А.В. Поповича из окрестностей Новороссийска)

Северный Кавказ – запад (К1а) – 344 листа (в основном это сборы со студенческих практик)

Азербайджан (K6) – 175 листов (разные источники, но основной объем дала коллекция злаков Закатальского заповедника С.И. Гулиева)

Северный Кавказ – центр (К1б) – 137 листов (сборы А.С. Зернова и др. из Карачево-Черкесии)

Северный Кавказ – восток (К1в) – 87 листов (сборы манжеток К.П. Глазуновой из Кабардино-Балкарии)

Армения (K5) – 75 листов, Грузия (K4) – 74 листа, Дагестан (K2) – 55 листов.

Образцы из остальных районов, а также сборы неопределенных видов были в текущем году единичными.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

При переопределении образцов очень неудобно каждый раз заново забивать электронную почту, ФИО, название вида. Снижает продуктивность в разы. Сложно долго выдержать.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Есть такое. Перенаправила запрос.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Цифровой гербарий МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) опубликовал 900 000 сканов гербарных образцов

Сейчас это шестой по величине цифровой гербарий мира, доступный в сети. Впереди нас:
1) Париж - 5,4 млн;
2) Лейден - 4,6 млн;
3) Нью-Йорк - 1,7 млн;
4) Пекин - 1,7 млн;
5) Мехико - 1,2 млн.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Новая Сибирь: 3166 образцов и 15 новых видов

На портал Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) выложены свежие включения в отдел Сибири и Дальнего Востока. Эти материалы были переданы в Гербарий МГУ и смонтированы в период с октября 2016 г. по октябрь 2017 г.

Это обширные материалы с Таймыра и Чукотки, Байкальского заповедника и Командорских островов.

Неожиданно среди новых включений оказалось 15 видов, которые ранее не были представлены в Гербарии МГУ. Преимущественно, это редчайшие представители флоры России, которые были описаны в последние десятилетия. Среди них:

Astragalus katunicus Pjak — Sist. Zametki Mater. Gerb. Krylova Tomsk. Gosud. Univ. 106: 24. 2012

Typha austro-orientalis Mavrodiev — Byull. Moskovsk. Obshch. Isp. Prir., Otd. Biol. 111(1): 78 (-79). 2006

Hieracium putoranicum Tupitz. — Bot. Zhurn. (Moscow & Leningrad) 79(8): 98. 1994

Saxifraga glutinosa Sipliv. — Novosti Sist. Vyssh. Rast. 14: 101, 1977

Puccinellia × beringensis Tzvelev — Novosti Sist. Vyssh. Rast. 10: 86. 1973

Oxytropis popoviana Peschkova — Stepnaya Fl. Baĭkal'skoĭ Sibiri 73 (1972)

Re: Цифровой Гербарий МГУ

ЗдОрово! Молодцы!!!

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Программисты сказали, что сделали возможность запоминания информации для кнопки "сообщить об ошибке".
Соответственно, если кто отключает в браузере cookie - проверьте, чтоб тут были включены.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Новые "типы" 2017 года

Мы выложили на портал Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) 188 сканов новых типов.

Для куратора любого гербария мира слово "типы" магическое. Все хотят, чтобы в их коллекции "типов" было как можно больше. Что же это такое?

"Типы" - это короткий слэнг от термина "типовые гербарные образцы", которым обозначаются такие образцы, которые послужили автору при описании нового для науки вида растения. Ежегодно учеными со всего мира описывается около 2 тыс. ранее неизвестных сосудистых растений, а также сотни мхов и печеночников. Многие из этих образцов затем попадают в Гербарий Московского университета.

В 2017 г. мы выявили в нашей коллекции 188 типов. Их судьба разная. Какие-то растения были описаны сотрудниками Московского университета за последние год-полтора, какие-то образцы послужили первичным материалом для новых видов 100-150 лет назад, но об этом мы узнали лишь в истекшем году.

Среди новых типов филиппинские папоротники и сибирские тимьяны, гималайские зонтичные и индокитайские аспидистры, толстянковые ЮАР и Турции. Типы сканируются на дорогих сканерах с разрешением 600 точек на дюйм, чтобы исследователи могли рассмотреть детали морфологии. Правда, даже в формате JPG такие картинки весят 60-70 мегабайт.

На сегодняшний день в Гербарии МГУ известно около 5000 типовых образцов, из которых 4828 отсканированы и представлены на портале Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ).