Re: Цифровой Гербарий МГУ

Алексей Серегин :

MW0347430 - это именно штрихкод

Штрихкод - это только полосочки (по определению). "MW0347430" - просто код образца.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Николай, здравствуйте!

Чтобы не вести дискуссию по отдельному образцу, у меня к Вам следующая просьба. Помнится, в конце 2015 г. я Вам выслал все наши неопределенные сибирские Pulsatilla, и Вы обещали их глянуть и прислать определения. Теперь у Вас есть замечательная возможность увидеть не только содержимое папочки "sp", но и вообще все наши прострелы.
Мы заинтересованы в том, чтобы физические образцы в коллекции были определены знатоками группы.
Так что, если у Вас будет возможность проверить определения всех прострелов и выслать мне список переопределений, то мы: 1) снабдим вашими детерминанточками сами образцы (с пометкой, что определено по сканам); 2) разложим их согласно этим определениям; 3) соответствующим образом внесем поправки в систему, а через какое-то время повесим более качественные ресканы (Сибирь мы делали в начале процесса, качество у нее местами не ахти, а потому мы при первой возможности делаем ресканы - например после работы монографов). Уверен, что Вам как систематику вполне понятна наша просьба.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Ок, Дмитрий. Тогда считайте, что это слэнг, решающий неоднозначноть, поскольку для разных целей у образца еще два других ID: у него есть единый депозитарный номер и т.н. "назаровский номер".

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Догадываюсь, что слэнг, но ему в публичном интерфейсе серьёзного проекта не совсем место. Поэтому и придираюсь smile

Re: Цифровой Гербарий МГУ

"Цифровой гербарий МГУ": публичная версия системы депозитария теперь в зоне msu.ru:

http://plant.depo.msu.ru/

Re: Цифровой Гербарий МГУ

На портале Цифрового гербария МГУ полностью обновлено окно расширенного поиска. Боевая версия портала здесь: https://plant.mitotech.ru/

Re: Цифровой Гербарий МГУ

На портале Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) опубликованы изображения 7560 образцов, хранящихся в отделе Африки, и 31794 образцов из Крыма. Работа с географическими выборками возможна в расширенном поиске (https://plant.depo.msu.ru/module/planti … fullpublic)

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Коллеги!
Кому удобнее следить за новостями цифрового гербария в режиме соц. сетей - есть страничка в ВК: https://vk.com/mw_herbarium

Из важного недавнего:
Новая опция для удобного пролистывания сканов

На портале https://plant.depo.msu.ru/ для просмотра образцов Цифрового гербария МГУ программистами разработана и внедрена функция пролистывания сканов. Функция доступна через кнопку в левой верхней части окна с результатами поиска (сразу после "Строки 1-50").

По словам разработчика Олега Платко, в виде галереи показываются картинки, выданные в результатах поиска. Показываются либо все сканы, либо только выбранные (галочка слева от строки). Один минус - показываются только картинки из текущих загруженных строк, т.е. если строк больше 50, то чтобы посмотреть все картинки, надо предварительно нажать "Показать все" (через "Строки 1-50").

Функция галереи работает в тестовом режиме. О своих впечатлениях и пожеланиях сообщайте разработчикам напрямую на support+depo[на]mitotech.ru.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

25 марта на портале Цифрового гербария МГУ https://plant.depo.msu.ru/ появятся изображения 73 тыс. образцов мхов.

Сканирование коллекции мохообразных Гербария МГУ велось по другим техническим требованиям и с другими целями. Если в случае с сосудистыми растениями объект хранения – это гербарный образец, сразу видимый целиком (т.е. как само растение, так и этикетка), то коллекция мхов хранится у нас в конвертах, наклеенных на подложки. Этикетка расположена на лицевой стороне конверта, а сами растения спрятаны внутри. Из-за невозможности методами оптического сканирования передать необходимые таксономические признаки мхов, мы решили сканировать только лицевые стороны конвертов с этикетками и штрихкодами. Подобная схема отработана в Гербарии Гарвардского университета, где исследователи ищут в БД географическую информацию с этикеток, полагаясь на определение специалистов-бриологов.

Таким образом, сканирование коллекции мхов осуществлялось со следующими основными параметрами изображений. Рабочее изображение: формат JPG, 300 dpi, размер файла до 3 MB, файл – скан подложки с наклееными конвертами мхов (от одного до восьми). Изображение на сдаче массива: вырезанный из рабочего изображения скан конверта с этикеткой и штрихкодом, формат JPG, 300 dpi, сжатие 80%, размер файла до 0,5 MB.

Этапы машинной обработки включали: разворот на 90 градусов, обрезка черного поля, косметический доворот до прямого угла, распознавание штрихкода. Этапы ручной обработки: нарезка рабочих изображений по конвертам

Re: Цифровой Гербарий МГУ

MW-DigiPic: Digital Pictures of Living Plants

На портале Депозитария МГУ https://plant.depo.msu.ru/ родилась новая коллекция "MW-DigiPic". Ее появление было вызвано необходимостью хранить со стабильными ID высококачественные цифровые фотографии живых растений, на которых основаны те или иные публикации.

Коллекция будет понемногу наполняться авторами статей с описаниями новых видов и флористических находок, которые работают в Московском университете или публикуются в журналах, издаваемых в МГУ. Пока здесь всего четыре образца (MW-DigiPic0000001, MW-DigiPic0000002, MW-DigiPic0000003, MW-DigiPic0000004).

В будущем мы свяжем фотографии с конкретными гербарными образцами, если они были сделаны с одного и того же растения.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

В Цифровом гербарии МГУ наконец-то появились типы. Это 4630 образцов почти 3000 таксонов. При поиске такие записи выделяются красным цветом. Изображения выполнены в стандарте 600 dpi, вес каждого - около 50 мегабайт.

Дизайн и содержательная часть паспортов типовых образцов будет в ближайшем будущем меняться для обеспечения удобства пользователей.

http://forum.plantarium.ru/misc.php?action=pun_attachment&item=14206&download=0

Аттачменты сообщения

Иконка аттачмента 556P2a3aYlg.jpg 203.67 kb, 9 раз(а) скачан с 2017-04-13 

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Отличная новость! Спасибо!

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Спасибо большое! Качество сканов намного лучше, чем в подавляющем большинстве онлайн-гербариев, хотя к интерфейсу и надо привыкнуть.
И ещё замечание по конкретному образцу:
https://plant.depo.msu.ru/module/itempu … 1228586%5D
Это изотип Parrya linearifolia Pavlov, nom. illeg. (non P. linearifolia W. W. Sm.), валидное название этого вида Parrya pavlovii A.N. Vassiljeva:
http://forum.plantarium.ru/viewtopic.ph … 57#p284357

Re: Цифровой Гербарий МГУ

А обратная связь в проекте предусмотрена? Что делать, когда натыкаешься на неверно определённый образец?

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Пока только через контакты и там на почту А.П. Серёгину.

Программисты сейчас заняты, и хотя форма эта в планах, пока нет.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

В очередной раз я в печали... Открываю страничку https://plant.depo.msu.ru/module/itempu … 1228586%5D и 35 секунд(!) жду, когда мне покажут картинку размером 234 на 375 px (на скорость соединения вообще не жалуюсь). А это потому, что вместо маленькой превьюшки мне сразу отдают оригинал в 40,6 MB! А я ещё не решил, хочу ли я рассматривать детали...

Неужели генерация и кэширования маленьких превью - столь неочевидная идея? О какой нормальной работе с образцами может идти речь при такой скорости отображения?

Я бы рекомендовал включить в команду разработчиков проекта какого-нибудь веб-разработчика из реального мира, который имеет практический опыт проектирования веб-приложений и публичных ресурсов. И опытного веб-дизайнера желательно пригласить - уверен, запас по увеличению дружелюбности интерфейса к пользователям просто огромен.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Дмитрий, я пока не могу объяснить технические причины, но поиск простой срабатывает гораздо быстрее и эффективнее, чем расширенный.
Сейчас проверяла - если в окошке род/вид ввести просто parrya - результаты будут секунд через 10 галереей, можно пролистывать.
На расширенном поиске при том же запросе - указании только рода Parrya - терпения хватило на три минуты разглядывания "колеса сансары", после плюнула  sad

Алексею написала.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Я не о поиске, а о работе с конкретной страницей, ссылку на которую я дал. Эффективный поиск - отдельная тема. (На всякий случай - разработчикам можно сказать слово Sphinx).

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Цифровой гербарий МГУ теперь "говорит" по-русски!

Мы загрузили в Цифровой гербарий МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) базу данных русских названий. Удалось загрузить русские названия почти для всех растений бывшего СССР, которые есть в Цифровом гербарии МГУ.

Теперь любой человек, даже без элементарных знаний ботанической латыни сможет найти у нас на портале тысячи видов растений - осоки и сосны, клены и одуванчики, лопухи и чертополохи. Мы искренне надеемся, что этот шаг сделает классический научный гербарий Московского университета ближе любому пользователю интернета.

Для поиска смело набирайте в полях "Род / вид" русские названия! Столь крупные внедрения не всегда удается сделать гладко, поэтому мы будем благодарны за любые пользовательские комментарии

Текущие новости о гербарии есть ещё тут: https://vk.com/mw_herbarium

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Я правильно понял из опыта общения с е-гербарием, что поиск идёт только по одному названию (имеется в виду латынь)? И что точное название, под которым вид фигурирует в базе, надо отгадать? У некоторых таксонов с неустоявшейся номенклатурой (смотрел кавказские сложноцветные и зонтичные) система пишет "ничего не найдено" в ответ на несколько разных комбинаций.  Понятно, что редкие виды в MW могут отсутствовать, но я пытался посмотреть и некоторые сравнительно обычные таксоны, которые в гербарии наверняка должны быть представлены...
Предусматривается ли в перспективе поиск по синонимам, как это сделано на "Плантариуме" или хотя бы справка-окошко "Этот вид зарегистрирован в ковчеге под такой-то комбинацией, попробуйте провести поиск по ней" ??

Отредактировано Владислав Григоренко (2017-07-16 22:23:43)

Re: Цифровой Гербарий МГУ

По идее, ищется по любому названию.
Для пробы набрала явные синонимы - Silene conica и Pleconax conica - оба нашлись сразу, и одинаковые результаты выдачи..
А с каким не работает?

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Спасибо за информацию!  Что искал - уже не вспомню, если проблема повторится - запишу на бумажку и озвучу тут...  roll

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Коллеги, за лето и начало осени на Портале гербария произошло несколько важных событий, делюсь)

27.07.
В Цифровой гербарий МГУ были загружены координаты для 2240 образцов (небольшие материалы из Тульской, Калужской, Владимирской и Рязанской областей). Постепенно, внося в базу данных полный текст этикеток, мы когда-нибудь осуществим и их геопривязку. Впрочем, делать это самим массово у нас нет свободных ресурсов, а контракт с компанией-партнёром на геопривязку оказывается очень дорогим.

Наши программисты отлаживают сейчас модуль внесения геоданных онлайн силами залогиненных пользователей с расширенными правами доступа. Если у кого-то из вас есть необходимые знания географии того или иного региона и желание помочь нам в качестве волонтёра в духе "citizen science" - пишите в личку. Любая геопривязка - лучше, чем ее отсутствие.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

29.08

29 августа 2017 г. на портал Цифрового гербария МГУ (https://plant.depo.msu.ru/ ) залиты новые материалы в базу данных этикеток и в ГИС-модуль.

Материалы Зимней субтропической практики 2014 г. в Израиль ( https://vk.com/wall10828577_738 ) пополнили фонды Гербария МГУ 400 образцами интересных видов средиземноморской и сахаро-аравийской флоры, многие дублеты были переданы в дар Гербарию Иерусалимского университета. База данных этой коллекции с координатами мест сбора теперь полностью интегрирована в Цифровой гербарий МГУ.

Старинная коллекция классиков капской ботаники Эклона ( https://ru.wikipedia.org/wiki/Эклон,_Христиан_Фредерик ) и Цейгера ( https://ru.wikipedia.org/wiki/Цейгер,_К … виг_Филипп ) была собрана в 1830 г. Ее дублеты в числе 1640 образцов попали в Императорский Московский университет. На оригинальных этикетках этих образцов был указан лишь цифровой код тех мест, где авторы собирали гербарий. Используя первоклассную монографию "Botanical Exploration of Southern Africa" (Gunn & Codd, 1981) нам удалось установить, где именно были собраны растения. Вот так выглядит паспорт одного из этих образцов: https://plant.depo.msu.ru/module/itempu … 2999675%5D (см. вкладку "Этикетка").

Таким образом, сегодня как число образцов, привязанных к карте, так и число образцов с оцифрованными этикетками перевалило через рубеж в 3,000 записей

Re: Цифровой Гербарий МГУ

05.09.

Зонтичные Крыма: ещё один шаг на пути к атласу флоры России

В Цифровой гербарий МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) залиты геопривязки 516 образцов зонтичных флоры Крыма. Эти ценные сведения о распространении крымских растений были получены Татьяной Гавриловой в ходе подготовки диплома бакалавра "Моделирование распространения растений на примере зонтичных флоры Крыма" ( https://istina.msu.ru/diplomas/26924206/ ).

Общее число привязанных к карте образцов в Цифровом гербарии МГУ превысило 3,800. Татьяна сделала ещё один шаг для создания будущего онлайн атласа флоры России на нашей платформе. Также благодаря её усилиям мы добавили в базу данных ещё и 1,500 распознанных этикеток крымских зонтичных - скоро они тоже отобразятся на нашем портале.