Re: Цифровой Гербарий МГУ

и да, ещё ОЧЕНЬ ВАЖНОЕ ПРИМЕЧАНИЕ:

В Европейской части очень много физически (уже после сканирования) образцов, где было неточное отнесение к району или же неверное определение.
Теперь они уже в шкафах - перемещённые в правильный район и переопределённые, но в системе эти переносы пока НЕ отображены.

Поэтому вы заметите наверняка там эти случаи ошибок - подождите, пожалуйста, сейчас не имеет смысла их выискивать - они уже исправлены. Позже обязательно сообщим, когда и в базе будут отображены все эти изменения - чтоб не делать двойную работу.

Спасибо!

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Всем привет! Наши программисты-умницы настроили "Расширенный поиск", которым мог пользоваться только я через "Личный кабинет". Теперь все гораздо корректнее работает. Продолжаем делать все более дружелюбным для юзеров. На днях настроим умные подсказки со списками видов и районов.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Дмитрий Орешкин :

В общем, желательно иметь возможность получать URL страниц для просмотра конкретных образцов.

Теперь о том, как ресурсом  пользуются сейчас:

Наталья Гамова :

зайдите с главной https://plant.mitotech.ru/ и наберите в поиске salix sphenophylla
среди образцов из S4 нужный идёт с номером на -1033
для просмотра в полноразмерном изображении жмите под превьюшкой ссылку 300 dpi

http://forum.plantarium.ru/viewtopic.ph … 68#p261468

Неплохо бы довести этот use case до разработчиков интерфейса smile

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Уже. Поправят в ближайшее время.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Наталья, а поиск образцов конкретного вида в настоящий момент возможен?
Это скрин запроса на Sparganium gramineum
Впечатляюще!  hmm

http://forum.plantarium.ru/misc.php?action=pun_attachment&item=12080&download=0

Отредактировано Алексей Гребенюк (2016-11-08 18:50:08)

Аттачменты сообщения

Иконка аттачмента Untitled-1.jpg 284.56 kb, 23 раз(а) скачан с 2016-11-08 

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Алексей, в простом поиске (с главной страницы) выдаются, действительно, все результаты, содержащие хотя бы одно слово запроса - т.е. Вам выдали все Sparganium и все gramineum (уже и не только Sparganium).

Есть функция расширенного поиска, там выдаёт результаты точно по запросу (ссылка "расширенный поиск" - она сразу под формой общего поиска)

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Ok
Спасибо!
Наталья, еще вопрос, если можно...
Брать сканы нужных образцов для публикации можно?

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Алексей Гребенюк :

Ok
Спасибо!
Наталья, еще вопрос, если можно...
Брать сканы нужных образцов для публикации можно?

Дорогой, Алексей! Мы дадим Вам разрешение на это ровно через пять лет. Догадываетесь почему?

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Запятая действительно в нужном месте употреблена?  wink

Re: Цифровой Гербарий МГУ

А для других отделов MW планируется подобная работа?

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Александр, здравствуйте! Мы уже отсканировали Крым, Кавказ, Монголию, Зарубежную Азию, Африку и все новые включения за год. После проверки сканов и индексации метаданных (т.е. ближе к январю) все выложим на портал. С учетом образцов мхов (только этикетки с конвертов) и типов (600 dpi) на портале будет около 785 тыс. сканов. Точные цифры будут позднее.

Кроме того, мы начали работу по рескану части нерезких изображений Сибири, которые были сделаны в первые дни проекта (около 3,5 тыс.) и образцов с переопределениями.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

О, это радует!
А Отдел Средней Азии и Казахстана?

Re: Цифровой Гербарий МГУ

То на следующий год

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Спасибо - это тоже хорошая новость!

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Отвечаю на некоторые вопросы. Сразу отмечу, что, несмотря на молодость системы, поступающие предложения заставляют нас все делать на очень высоком уровне без скидок на то, что мы и так уже свернули горы, обеспечив сканирование 785,000 образцов и их снабжение ключевыми метаданными. Что ж, будем работать.
Итак:

1) мы скоро переедем в зону msu.ru, повысится быстродействие, стабилизируются ссылки;
2) замечания и предложения всячески приветствуются, описываются мною для программистов и ставятся в очередь на исправление или доработку - пишите;
3) стабильные ссылки на все имеющиеся образцы какого-либо вида ищутся через функцию "Таксономический браузер";
4) система прежде всего заточена на обеспечение работы физических коллекций - многие функции доступны только кураторам в админзоне и внешним юзерам не видны, всякие удобства для внешних пользователей будут постепенно навешиваться на нее в качестве новых функций, но первостепенно мы решаем задачи обеспечения документооборота в депозитарии;
5) если кто-то хочет поучаствовать в пополнении паспортов образцов дополнительными метаданными - пожалуйста, логиньтесь в системе. Вероятно, зимой мы для начала дадим возможность внешним юзерам привязывать образцы к регионам (Россия) или странам (Зарубежная Азия и Африка). Это позволит заметно сокращать объем выдачи материала на поиске. Также будет запущен модуль заполнения данных с этикеток.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Алексей, я может слишком многого хочу... Но вот было бы вообще идеально, если бы отдельные части образцов, ключевые для определения, сканировались с более высоким разрешением для того, чтобы можно было видеть мелкие детали... Ой, ну это уже из области фантастики или круглосуточно действующих роботов, наверное smile

А есть ли в коллекции гибридные образцы? Они как-то по-особому помечаются? Как их искать, если они не обнародованы под отдельным названием? К примеру, гибрид Equisetum arvense и E. pratense?

Отредактировано Надежда Степанцова (2016-11-18 10:36:28)

Re: Цифровой Гербарий МГУ

https://plant.mitotech.ru/public/scan.j … =MW0074121
плодоносящее растение; - дата сбора - 04. 07.1954
в каталоге значится, как P. flavescens  , а на листе с растением написано - P.angustifolia
( с видом P.angustifolia еще нужно разобраться, а вдруг Н.С. Тучанинов ошибся))
по моему мнению, это типичный P. flavescens, который с 2014 года правильно именовать P.orientali-sibsrica

https://plant.mitotech.ru/public/scan.j … =MW0074184
вот это неопределенное до вида растение совершенно аналогично предыдущему - MW0074121;
плодоносящее растение; - дата сбора - 04. 07.1954
вид тот же, на мой взгляд - P.orientali-sibsrica

https://plant.mitotech.ru/public/scan.j … =MW0074185
аналогично; вид тот же, на мой взгляд - P.orientali-sibsrica
цветущий образец; - дата сбора - 12.06.1955
этот образец интересен тем, что внешняя(?) сторона листочков околоцветника имеет некоторую сиреневую окраску, налет; 

https://plant.mitotech.ru/public/scan.j … =MW0074183
отнесено к роду Pulsatilla, до вида не определено;
судя по листьям - это вовсе не прострел; и прикорневые листья не такие, как у прострелов, и стеблевые листья, собранные в покрывало, в обертку - тоже не такие, как бывают у прострелов; вероятно (тут лучше уточнить у специалиста) , растение следует отнести к роду Anemone;
на листе, кстати, значится Anemone alpina;
на Плантариуме такого вида нет (?);

по запросу на экран вошло 39 строк;
хотя в меню, в верхнем правом углу, видно, что выведено 50 строк;
попытка изменить количество выводимых строк не успешна) : "К сожалению, у Вас нет прав доступа к этому модулю. Обратитесь к администратору системы, чтобы он настроил права доступа для модуля: "Параметры фильтра"
на мой взгляд, это не бог весть какая секретная-важная операция - она есть в каждом втором интернет-магазине  - и это можно бы разрешить всякому посетителю;
https://plant.mitotech.ru/module/plantitemsearchpublic
При изменении масштаба (CTR - или(+)) в верхнем "синем" меню возникает небольшой "глюк" в виде горизонтальной голубой полоски;

кнопка "подать образец" рассчитана на "внешних пользователей?
в "Ноевом ковчеге" планируется размещать образцы и из других гербариев?

когда выделяешь "все" строки (ставишь галочку на все строки) - выгрузки в xls не происходит, выдает ошибку;
когда ставишь галочку на 1-2-3-4 строку - выгрузки в в xls также не происходит;
итого - выгрузка пока не работает;

также, на мой взгляд, дату сбора образца следует вывести в отдельное поле;

Желаю успехов в "правке" базы.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Что могу ответить сразу:

1: Не всегда (далеко не всегда!) при переопределениях (давнишних) образцов там оформляли детерминантки, поэтому определением следует считать то, где образец хранится, что бы ни было написано на старой этикетке.
P. flavescens и есть в данном случае.

2. про все не определённые до вида - ну да, в коллекции таких много.
Не все группы обработаны систематиками.. лежат вот, ждут своего часа..
+ обратите внимание на сообщение № 26 в теме - то, что выделено жирным шрифтом.

3. про лист в Pulsatilla, подписанный Anemone alpina
ну, как автор хотел подписать, так и подписал  roll
Это вообще беда старых коллекций - с поиском адекватных современных названий.
И часто там наименования бывают, которых нет нигде.
Anemone alpina как таковая существует (но почему она должна быть на Плантариуме??), а если определено неверное - см. предыдущий пункт  roll

4. дата сбора образца:
этикетки НЕ оцифрованы.
Пока выводить нечего.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Здравствуйте, Юрий! Спасибо за развернутый пост. Дополняю ответ Натальи.

1) Скоро появится функция обратной связи в паспортах образцов, можно будет присылать переопределения (форма будет предельно формализована). Метаданные образца более надежный источник информации, чем этикетки на нем.

2) Число строк может быть произвольным и настраиваемым для залогиненных пользователей. Логиниться можно всем. Ограничение сделано для того, чтобы результаты запроса грузились быстрее.

3) Система открыта для заливки большого объема отсканированных (или даже отфотографированных) гербарных коллекций из разных учреждений. К нам уже попросился, например, Курский университет. Но спонсировать оцифровку мы не будем. "Подать образец" работает только для пользователей, попросивших и получивших статус "Оператор коллекции" и выше. Повторюсь, изначально это система коллекционной "бухгалтерии".

4) Выгрузка не работает. Скорее всего, так и есть. Пишу в лист ожидания.

5) Масштабирование глючит. Это проблема среды, в которой работает система. Решение в листе ожидания.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Надежда, здравствуйте!

Вопрос качества изображения - это, прежде всего, вопрос денег. В нашем случае нам нужно 32 млн рублей, чтобы сделать коллекцию в 600 dpi. Каждый год эта сумма увеличивается на 3,2 млн, если мы верим, что инфляция в России не превышает 10%.

Гибриды зачастую в коллекции не выделены в отдельные рубашки (обложки), поскольку в их определении чаще всего не наблюдается консенсуса между ботаниками. Определения гибридов нужно искать на самих образцах глазами, залезая в родительские виды. Если когда-то этикетки будут целиком оцифрованы (цена вопроса - 80 млн рублей), то это можно будет также найти через расширенный поиск.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

про лист в Pulsatilla, подписанный Anemone alpina

Прострел это, прострел. Например Pulsatilla aurea из альпийской зоны Кавказа.

По первым образцам. Что подписано P.angustifolia - в современном понимании так и есть. Желтеющий на северо-восток так далеко не идёт; а во-вторых - средняя доля на черешке, что нехарактерно для желтеющего и характерно для P.angustifolia и некоторых иных видов.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Алексей, спасибо за ответ.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Алексей, спасибо за ответ.
Не понял вот это:

Алексей Серегин :

это система коллекционной "бухгалтерии"

что это?

Отредактировано Юрий Постников (2016-11-19 11:45:37)

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Немного придирок по интерфейсу.

Смотрю https://plant.mitotech.ru/module/itempublic?openparams=[c-id=1524305,open-id=7599853] (ура, хоть и изысканным путём, но ссылки на образцы можно добыть!)

Если имеем дело с таксоном видового ранга, зачем торчат пустые поля "Статус внутривидового таксона", "Внутривидовой эпитет", "Автор внутривидового таксона"? Неаккуратно...

Ну и замечательное поле "Штрихкод", занимает главенствующее место наверху страницы. Оно реально нужно пользователям системы, чтобы показывать в его первую очередь? И вообще, "MW0347430" - это никакой не штрихкод.

Re: Цифровой Гербарий МГУ

Дмитрий, спасибо за комментарии.

1) Поля делаются на все образцы идентичные. Возможно, наружу будем делать принципиально иную веб-морду и тогда пустые поля будут скрыты.

2) MW0347430 - это именно штрихкод, который клеится физически на образец (https://plant.mitotech.ru/public/scan.j … =MW0347430 - см. правый верхний угол). Пользователям гербария без ID образца вообще жить нельзя, это точно